Upload
lester
View
145
Download
1
Embed Size (px)
DESCRIPTION
Параллельные вычисления в задачах молекулярного моделирования методом Монте-Карло А.В. Теплухин Лаборатория молекулярной динамики Институт математических проблем биологии РАН, Пущино. Молекулярное моделирование. Поиск репрезентативных конфигураций молекулярных агрегатов - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
Параллельные вычисления в задачах молекулярного моделирования методом
Монте-Карло
А.В. Теплухин
Лаборатория молекулярной динамики Институт математических проблем биологии
РАН, Пущино
Молекулярное моделирование
•Поиск репрезентативных конфигураций молекулярных агрегатов
•Расчёт макроскопических характеристик веществ на основе микроскопического описания
Молекулярные модели
2ji
2j i
2jij i ) z (z)y(y )x (x r
ji,6ij
ij12ij
ij
ij
ji
r
B
r
A
r
21
)XE(
N=10V=1 нм3
Т=300о К
= {x1y1z1…xNyNzN}X
?
микро МАКРО
Статистическая
физика
V b
V b
NVTx)d
Tk)xE(
exp(-
x)dTk)xE(
)exp(-xf(
f
R23
NRT
EEc 2
2
NVTNVT
2
V
Выборка по важности
M
)xf(f~
M
1ii
NVT
V b
V b
NVTx)d
Tk)xE(
exp(-
x)dTk)xE(
)exp(-xf(
f
Выборки по важности
• метод молекулярной динамики: уравнения Ньютона в конечно-разностной форме
• метод Монте-Карло: процедура Метрополиса для генерации цепи Маркова
Процедура Метрополиса
pp. 1087-1092
Процедура Метрополиса
Взять конфигурацию 2, если либо Е2 < E1, либо exp(-(Е2-E1)/(kbT)) > ξ ,
иначе – взять конфигурацию 1 еще раз.
ξ – случайное число, равномерно
распределенное на (0,1)
Структура программы
ИнициализацияЦикл выборки (k) Цикл i по всем частицам
Цикл j по частицам, взаимодействующим с частицей i Расчет энергии взаимодействия частиц i и j End j Выборка очередной конфигурации End iEnd kЗаключительные операции
Тест 1
1775 молекул воды, ПГУ, NPT
Тест i+j
Тест i+j
время (сек) выполнения теста с 14203 молекулами воды (модель TIP4P2005, куб с ПГУ, 7.53 нм3, NPT)
Расчеты на суперкомпьютере «Ломоносов», МГУ
10
100
1000
10000
100000
1 10 100 1000 10000
количество процессоров
вр
ем
я,
се
к
t3
t2
t(2+3)
j
ii+j
Доменная декомпозиция
Схема межпроцессорных коммуникаций
Разбиение объема элементарной ячейки моделируемой системы
на совокупность кубов меньшего размера.
Распределение моделируемой системы по 12 процессорам
Масштабируемость доменной декомпозиции
Время, требуемое для изобарического расчета «водных кубов», расположенных в порядке возрастания их размера.
Количество силовых центров в моделируемых системах: от 36980 (ребро куба - 6.5 нм) до 36 982 832 (ребро куба - 65 нм)
Расчеты на суперкомпьютере «Ломоносов», МГУ
320
340
360
380
400
420
440
8 64 216 512 1000 4096 8000
количество процессоров
Вре
мя,
сек
Квазинеэргодичность вычислительного процесса
История
1991 г. Дискуссия : Что лучше – одна, но длинная выборка или много коротких?
(Statistical Science 1992, v.7, №4)
1991 Charles J. Geyer “Markov chain Monte Carlo maximum likelihood” - in Proc. 23rd Symp. on the Interface between Computing Science and Statistics
MC^3
(MC)3
МСМСМСMetropolis Coupled Markov Chain Monte Carlo
«Время»
обмен конфигурациями или
обмен температурами
Pexch ~ min(1,exp((1/(kTi)-1/(kTj))*(Ei-Ej)))
Water REMC
Обобщенный канонический NpT-ансамбль
, ……Т1 Т2 Т108
Расчеты на 6912 процессорах (64x108) суперкомпьютера «Ломоносов», МГУ
0
0.05
0.1
0.15
0.2
0.25
-24800 -23800 -22800 -21800 -20800 -19800 -18800 -17800 -16800 -15800
H, ккал/моль
Accept
Вероятности переходов между температурами
0
50
100
150
200
250
300
350
400
450
500
1 11 21 31 41 51 61 71 81 91 101
nT
ToK
0
0.1
0.2
0.3
0.4
1 11 21 31 41 51 61 71 81 91 101 nT
0
50
100
150
200
250
300
350
-200 -100 0 100 200
exp
MC
0
5
10
15
20
25
30
35
40
-200 -100 0 100 200
exp
MC
ice Ih
0.8
0.85
0.9
0.95
1
1.05
-200 -100 0 100 200
exp1
MC
exp2
Ice Ih
Макроскопические характеристики воды, модель TIP4P2005
плотность, г/см3
Ср, кал/моль/град
t, oC t, oC
t, oC
Эволюции «коробки» №1температура
итерация
x,y,z-компоненты дипольного момента коробки, в Дебаях
E-problem
Эргодическая проблема
1 5 9 13 17 21 25 29 33 37 41 45 49 53 57 61 65 69 73 77 81 85 89 93 97 101
105
Р1
Р4
Р7
Р10
Р13
Р16
Р19
Р22
Р25
Р28
Р31
Р34
Р37
Р40
Р43
Р46
Р49
Р52
Р55
Р58
Р61
Р64
Р67
Р70
Р73
Р76
Р79
Р82
Р85
Р88
Р91
Р94
Р97
Р100
Р103
Р106
Тем
пера
тура
«коробки»
Спасибо за внимание!