TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ

VIỆN NGHIÊN CỨU VÀ PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ SINH HỌC

----------------------------------

BÀI BÁO CÁO

TÌM HIỂU VỀ SNP

(SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS)

CÁN BỘ GIẢNG DẠY: GS.TS NGUYỄN THỊ LANG

VIỆN LÚA ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG

NHÓM HỌC VIÊN THỰC HIỆN: NHÓM 5

LỚP: CAO HỌC CNSH K19

1

Cần Thơ, tháng 10 năm 2012

SNP (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS)

I. GIỚI THIỆU VỀ SNP

- SNPs (đọc là snip) được viết tắt từ chữ Single Nucleotide

Polymorphisms, có nghĩa là các dạng đa hình của nucleotide đơn. Marker này

thường được dùng để phân tích genome người, hiện nay được áp dụng cho genome

của nhiều sinh vật khác với số lượng lớn nhất từ trước đến nay, nhờ một đột biến

điểm tại một nucleotide trên genome (hình 1).

Hình 1: Một đột biến điểm xảy ra dẫn đến thay thế một cặp nucleotide G –

C bằng A – T hoặc ngược lại tạo ra một SNP.

- Đa hình đơn nucleotide, hoặc SNPs là những biến thể trình tự DNA xảy ra

khi một đơn nucleotide (A, T, C, hoặc G) trong trình tự bộ gen bị thay đổi. Ví dụ

một SNP có thể thay đổi trình tự DNA GGCTAA A đến A GGCTAA T. Đối với

một biến thể được coi là một SNP, nó phải xảy ra trong ít nhất 1% dân số. SNPs,

tạo nên khoảng 90% của tất cả các biến thể di truyền của con người, xảy ra mỗi

100 đến 300 căn cứ dọc theo hệ gen của con người 3-tỷ-base. Hai trong số ba mỗi

2

SNPs liên quan đến sự thay thế của cytosine (C) với thymine (T). SNPs có thể xảy

ra trong khu vực của bộ gen mã hóa (gen) và không mã hoá. Nhiều người SNPs

không có ảnh hưởng đến chức năng tế bào, nhưng các nhà khoa học tin rằng

những người khác có thể predispose người bệnh hoặc ảnh hưởng đến phản ứng của

họ với một loại thuốc.

- SNPs diễn ra bình thường trong suốt DNA của một người. Trung bình xảy

ra một lần trong mỗi 300 nucleotide, có nghĩa là có khoảng 10 triệu SNPs trong hệ

gen của con người. Thông thường nhất, những biến thể này được tìm thấy trong

DNA giữa các gen. Nó được xem như là đánh dấu sinh học, các nhà khoa học giúp

xác định vị trí các gen liên quan đến bệnh. Khi SNPs xảy ra trong gen hoặc trong

một khu vực gần một gen quy định, nó có thể có vai trò trực tiếp đến sự xuất hiện

bệnh bằng cách ảnh hưởng đến chức năng của gen.

- Mặc dù hơn 99% trình tự ADN của con người đều giống nhau, sự thay đổi

trong chuỗi DNA có thể có tác động lớn đến việc làm thế nào con người bệnh, các

yếu tố môi trường, chẳng hạn như vi khuẩn, virus, độc tố, các hóa chất, các loại

thuốc và các liệu pháp điều trị khác. Điều này làm cho SNPs có giá trị cho nghiên

cứu y sinh học và phát triển các sản phẩm dược phẩm hoặc chẩn đoán y khoa.

SNPs cũng tiến hóa ổn định, không thay đổi nhiều từ thế hệ này sang thế hệ khác

làm cho chúng ta dễ dàng hơn khi nghiên cứu dân số.

- SNP là những biến dạng của chuỗi DNA được tìm thấy với tần suất cao

trong genome người (Taillon – Miller và ctv. 1998). Chúng ta có thể sử dụng SNP

marker để phân lập các yếu tố di truyền có liên quan đến tính trạng bệnh lý vô

cùng phức tạp (Taillon – Miller và ctv. 1999). Người ta có thể dự đoán 100.000

hoặc nhiều hơn nữa SNP marker (trong quãng 30-kb, hoặc 5 marker cho một gen)

trong genome người (Collins và ctv. 1997). Những phương pháp đánh giá kiểu gen

với kết quả cao đòi hỏi một kiến thức về chuỗi trình tự rất chính xác của SNP. Do

đó, bất cứ công bố nào về SNP phải hàm chứa hai nội dung:

(1)Xác định chuỗi trình tự DNA.

(2)Tần số alen.

3

Đây là một kỹ thuật được áp dụng vào đầu những năm 2000, từ genome người

đến genome các loài sinh vật khác như cây Arabidopsis, cây lúa (Oryza sativa L.),

…

II. PHƯƠNG PHÁP XÁC ĐỊNH SNP

- Có hai phương pháp để tạo ra SNP, một là dùng trực tiếp mã trình tự di

truyền và thứ hai là phân biệt các đột biến điểm thông qua dùng tách sắc ký lỏng

(DHPLC). Thông thường dùng primer để thiết kế mã trình tự và các đoạn khuyết

đại khoảng 500 cặp base. Chúng ta có thể dùng phương pháp PCR tách hai cá thể

và trộn các cá thể này chung, sau đó đun nóng và lai để thành lập các dulex tương

đồng và dị biệt. Các bước để phân tích axit nucleic bằng SNP như sau:

+ Phân lập DNA nền

+ Chọn lựa primer và thiết kế primer để cho khuếch đại trong PCR

+ Tách SNP trên bước sóng tương thích (DHPLC)

+ Phối hợp số liệu, mã trình tự DNA và cloning

- Theo phân tích chi tiết chuỗi trình tự của những phần nào đó trong

genome, những trình tự DNA này từ hai cá thể khác nhau phần lớn đều giống

nhau, với số cặp base khác biệt nhau nằm trong khoảng cho phép 500 – 1000bp.

Một cặp base ở tại vị trí nào đó biểu thị sự khác nhau của cá thể có tính chất rất

phổ biến và một cặp base khác là “variant” ít phổ biến hơn ở cùng một vị trí. Nếu

cặp base có tính chất ít phổ biến hơn xuất hiện xuất hiện với xác suất nhỏ hơn 1%

trong quần thể, người ta định nghĩa vị trí của cặp base đó là vị trí một SNP. Hiện

nay, người ta công bố 3.000.000 SNP trong genome người (Rusell 2002), nhiều

hơn bất cứ DNA marker đã được công bố trước đó. Kiểu đa hình như vậy vô cùng

quan trọng trong di truyền người vì chúng đại diện cho hơn 98% tất cả đa hình

DNA. Các alen của một SNP có thể dễ dàng được xem xét bởi phân tích lai với

phân tử oligonucleotide nào đó.

+ Trong quy trình này, một đoạn dò (probe) ngắn hay đoạn oligonucleotide

(gọi là phân tử oligo) chứa khoảng 25bp được tổng hợp sao cho nó sẽ bổ sung vào

alen phổ biến tại locus SNP. Phân tử DNA này được trộn với DNA mục tiêu và

4

tiến trình lai được hoàn chỉnh ở mức độ cực kỳ chính xác (high stringency). Điều

này có nghĩa là mọi điều kiện ở đây phải thuận lợi cho sự lai giữa probe và DNA.

+ Khi hiện tượng lai xảy ra, DNA mục tiêu sẽ có alen phổ biến (common

allene). Dưới những điều kiện cực kỳ chính xác trong sự kiện “matching” (cặp

base tương ứng bắt cặp với nhau, phân tử oligo sẽ không lai với DNA mục tiêu có

một cặp base nào đó bị thay đổi – một SNP (hình 2).

Hình 2: Phân tích lai oligonucleotide tạo ra một SNP. Một oligonucleotide

có tính chất bổ sung hoàn toàn đối với alen bình thường, nó được lai với DNA

mục tiêu dưới điều kiện tối ưu có tính chất “fullmatch” (bắt cặp base hoàn toàn

tương xứng) giữa probe và DNA. Khi sự kiện lai xảy ra, DNA mục tiêu có alen

bình thường, nhưng khi sự kiện lai không xảy ra, DNA mục tiêu có base trong tình

trạng “mismatch”, người ta gọi đó là một đa hình của SNP.

- Việc tạo ra phản ứng cùng một lúc hàng trăm SNP có thể được thực hiện

nhờ sử dụng “DNA microarray”, còn được gọi là DNA chips, GeneChips arrays

(thương hiệu của Affmetrix, Inc) và oligonucleotide arrays. Microarray có khả

5

Phân tử lai ổn định với từng cặp base hoàn toàn tương ứng

Oligonucleotide

DNA mục tiêu

SNP

Một cặp base không tương ứng, hydrid không ổn định

C

Mismatch: làm cho cặp base không hình thành được

G

C

C

G

C

G

A

T

T

A

T

A

A

T

A

T

G

C

T

A

C

G

T

A

T

A

C

G

A

T

T

A

C

G

C

G

C

G

T

A

A

T

G

C

C

G

C

G

A

T

T

A

T

A

A

T

A

T

G

C

T

A

T

A

T

A

C

G

A

T

T

A

C

G

C

G

C

G

T

A

A

TC

năng đọc biết 100.000 hoặc nhiều hơn nữa phân tử DNA trên một diện tích 3,6cm2

(hình 3).

+ DNA microarray là kỹ thuật sắp xếp và phối hợp phân tử bao gồm các

đoạn DNA và protein cho lai với những phân tử probe trong thư viện DNA được

sắp xếp theo matrix. Kỹ thuật DNA microarray nhằm mục đích tìm hiểu sự thể

hiện gen, mức độ đa dạng nguồn di truyền, bản đồ gen, phân tích biến động trong

gen.

+ DNA microarray được hiểu một cách đơn giản là sắp xếp một cách thứ tự

hàng nghìn đơn vị phân tử DNA probe với trình tự giống nhau. Chúng được cố

định trên một tấm kính hoặc trên màng nylon.

Hình 3: Xác định đa hình nucleotide đơn bằng kỹ thuật microarray.

* Lịch sử ra đời của kỹ thuật microarray:

Vào cuối những năm 1960, Pardue & Gall; Jones & Roberson đã tìm ra

phương pháp lai in situ có sử dụng mẫu dò đánh dấu huỳnh quang, FISH. Phương

pháp cố định các nhiễm sắc thể và nhân trên phiến kính (sao cho DNA tạo thành

mạch kép với mẫu dò) ngày nay được sử dụng để đặt DNA lên phiến kính trong

6

phương pháp microarray. Vào thời gian này, hoá học hữu cơ cũng phát triển, cho

phép tổng hợp tự động các mẫu dò oligonucleotide vào năm 1979.

Kỹ thuật phân tích sử dụng phương pháp gắn đồng thời nhiều trình tự đích

lên một bộ lọc hay màng theo thứ tự, phương pháp thấm điểm (dot blot), được

Kafatos và cộng sự (1979) đưa ra. Với kỹ thuật này, các trình tự đích được cố định

trên vật đỡ và lai với mẫu dò (thường là trình tự axit nucleic đã đánh dấu). Saiki và

cộng sự (1989) đưa ra một cách khác, dot blot ngược, trong đó gắn nhiều mẫu dò

theo thứ tự trên màng và đích để phân tích được đánh dấu. Cùng thời gian này, các

array đầu tiên với giá thể không thấm nước được tạo ra trong phòng thí nghiệm

của Maskos (1991). Đầu những năm 1990, kỹ thuật đánh dấu phát huỳnh quang đa

màu được Ried và cộng sự; Balding & Ward giới thiệu.

Vào năm 1993, array chứa các oligonucleotide ngắn, dưới 19 nucleotide

được tổng hợp in situ. Năm 1994, Hoheisel và cộng sự tăng mật độ chấm (spot)

bằng cách dùng robot để lấy và đặt mẫu dò lên giá thể. Phương pháp tự động hoá

này làm tăng tốc độ quá trình, giảm các sai sót chắc chắn mắc phải khi thực hiện

những thủ tục có tính lặp lại cao bằng tay, và tăng tính chính xác vị trí, tăng tính

đồng hình của các spot mẫu.

Tất cả các thí nghiệm tiên phong ở trên là cơ sở của kỹ thuật array hiện

nay. Người ta đánh giá rằng, kỹ thuật này có thể sẽ phát triển đến mức chỉ vài năm

nữa có thể so sánh nó với kỹ thuật PCR không thể thiếu trong sinh học hiện nay.

* Trình tự thực hiện microarray được mô tả như sau:

(1) Thực hiện công việc in các slide, chạy PCR, thiết lập chương trình đảm

bảo chất lượng sản phẩm PCR, làm tinh khiết sản phẩm PCR.

(2) Sao chép microarray thông qua hệ một thống tự động, tạo ra hồ sơ chi

tiết và chuẩn bị gen.

(3) Thực hiện lai DNA với probe, trong đó người ta cần phải ly trích RNA

để nhuộm với Cy3 và Cy5.

(4) Thực hiện việc chụp hình thông qua máy “scanner” và phân tích số liệu.

Thí nghiệm trong DNA microarray cần có những probe và DNA mục tiêu,

trong đó, probe là những phân tử DNA cố định trên chip bằng thủy tinh hoặc

7

silicon, chúng chưa được đánh dấu, nhưng DNA mục tiêu đã được đánh dấu mà

nồng độ của nó sẽ được phân tích. Vì vậy, người ta sử dụng một chip tên gọi là

“probe array”. Huỳnh quang được sử dụng để đánh dấu là “florescein” hoặc

“cyanine”, đó là phẩm màu Cy3 có màu xanh lá cây và phẩm màu Cy5 có màu đỏ.

Dấu hiệu đánh dấu bằng microarray chúng ta phải dùng hai chất màu nhuộm

phổ biến là Cy3 và Cy5. Các chất nhuộm này thường là dUTP hoặc dCTP. Cy3

cho màu vàng cam với ánh sáng hấp thu tối thiểu 50nm và tối đa 581nm. Cy5 cho

màu đỏ với ánh sáng hấp thu tối thiểu là 649nm và tối đa là 670nm.

Kết quả hình ảnh sẽ thể hiện các gen mục tiêu được nhận biết trong matrix.

Nếu mã microarray biểu hiện có gen mục tiêu, kết quả dương tính. Ngược lại,

phản ứng sẽ âm tính (không có kết quả lai với probe).

Hình 4: Quy trình của microarray.

Nhiều kỹ thuật đã được nghiên cứu để tạo ra SNP theo kiểu tự động hóa với

sự giúp đỡ của computer (Wang và ctv. 1998). Những kỹ thuật đó là: EST

Sequence Data, EST Assembly với phần mềm chuyên trách, phương pháp đánh

giá kiểu gen thông qua thiết kế mồi (primer) cho PCR và GBA theo phần mềm

8

GBA-primer1.1, phương pháp xác định SNP bằng kỹ thuật đọc chuỗi trình tự

pyrophosphate DNA vào thời điểm thích hợp (Alderborn và ctv. 2000)

III. TÍNH CHẤT CỦA SNP

- SNP có tính chất “diallelic” trong quần thể và tần số alen của nó có thể

được ước đoán dễ dàng trong bất cứ quần thể nào, thông qua một loạt xét nghiệm

kỹ thuật (Kwor và ctv. 1994).

- SNP là những marker có tính ổn định rất cao về mặt di truyền.

- Là sản phẩm của PCR.

- Được tìm thấy với tần suất cao nhất trong genome người.

- Độ đa dạng cao.

IV. ỨNG DỤNG VÀ TRIỂN VỌNG CỦA SNPs

1. SNPs bản đồ

- Người ta đã phát hiện một chiến lược nghiên cứu giúp cho việc phát hiện

nhanh chóng những SNP từ số liệu lưu trữ EST (Expressed Sequence Tag)

(Picuolt – Newberg và ctv. 1999). Sự kiện phát triển in vitro nhằm khuếch đại

những trình tự ở vị trí đặc biệt, ví dụ như PCR và khám phá marker có tính đa hình

và có thông tin di truyền cao như microsatallite, STR (short tandem repeat), sự

kiện như vậy đã và đang tạo điều kiện thuận lợi để chúng ta sáng tạo ra những bản

đồ di truyền có mật độ thấp (lom density maps) của người, ứng dụng có hiệu quả

trong lĩnh vực y khoa, thí dụ xét nghiệm bệnh u xơ, bệnh Huntington, bệnh tiểu

đường, … (Broman và ctv. 1998).

- Các nhà khoa học tin rằng SNP bản đồ sẽ giúp họ xác định được nhiều gen

liên quan với các bệnh phức tạp như ung thư, bệnh tiểu đường, bệnh mạch máu, và

một số hình thức của bệnh tâm thần.

- Một vài nhóm làm việc để tìm SNPs và cuối cùng tạo ra SNP bản đồ hệ

gen của con người. Trong số đó là Mỹ Human Genome Project (HGP) và một

nhóm lớn của các công ty dược phẩm được gọi là SNP Consortium, dự án TSC.

Khả năng trùng lặp giữa các nhóm nhỏ là khó xảy ra vì có khoảng 3 triệu SNPs, và

phần thưởng tiềm năng của một bản đồ SNP là cao.

9

- Ngoài ý nghĩa nghiên cứu pharmacogenomic trong chẩn đoán, y sinh học,

SNP bản đồ còn giúp để xác định hàng ngàn các dấu hiệu bổ sung trong bộ gen, do

đó hướng nghiên cứu của bản đồ bộ gen là rất lớn.

2. Làm thế nào SNPs có thể được sử dụng như là yếu tố nguy cơ phát

triển bệnh?

- SNPs không gây bệnh, nhưng nó có thể giúp xác định khả năng rằng ai đó

sẽ phát triển một căn bệnh cụ thể. Một trong những gen liên quan với bệnh

Alzheimer, apolipoprotein E hoặc APOE, là một ví dụ tốt về cách SNPs ảnh hưởng

đến sự phát triển của bệnh apoE chứa hai SNPs mà kết quả trong ba alen có thể

cho gen này: E2, E3, E4. Mỗi allele khác nhau bởi một cơ sở DNA, và các sản

phẩm protein của mỗi gen sẽ khác bởi một amino axit.

- Mỗi cá nhân được thừa hưởng một bản sao mẹ của APOE và một bản sao

nội của APOE. Nghiên cứu cho thấy rằng một người được thừa hưởng ít nhất một

E4 allele sẽ có một cơ hội lớn để phát triển bệnh Alzheimer. Rõ ràng, sự thay đổi

của một amino acid trong các protein E4 làm thay đổi cấu trúc và chức năng của

protein và có nhiều khả năng để làm cho bệnh phát triển. Nếu một người kế thừa

allele E2 thì ít có khả năng phát triển bệnh Alzheimer.

- Tất nhiên, SNPs không phải là chỉ số tuyệt đối của sự phát triển của bệnh.

Một người nào đó đã được thừa hưởng hai alen E4 không bao giờ có thể phát triển

bệnh Alzheimer, trong khi một người đã được thừa hưởng hai alen E2 có thể.

APOE chỉ là một gen có liên quan đến bệnh Alzheimer. Giống như các rối loạn

mãn tính như bệnh tim, tiểu đường, hoặc ung thư phổ biến nhất, bệnh Alzheimer là

một bệnh có thể được gây ra bởi các biến thể trong một vài gen.

- Hầu hết các SNPs không có ảnh hưởng đến sức khỏe hoặc sự phát triển.

Một số những khác biệt di truyền đã được chứng minh là rất quan trọng trong việc

nghiên cứu về sức khỏe con người. Các nhà nghiên cứu đã tìm thấy SNPs có thể

giúp dự đoán phản ứng của một cá nhân với một số loại thuốc nhất định, nhạy cảm

với các yếu tố môi trường như chất độc, và nguy cơ phát triển các bệnh cụ thể.

SNPs cũng có thể được sử dụng để theo dõi các thừa kế của các gen bệnh trong gia

10

đình. Nghiên cứu trong tương lai sẽ làm việc để xác định SNPs liên kết với các

bệnh phức tạp như bệnh tim, tiểu đường và ung thư.

- Nhiều loại bệnh phổ biến ở người không được gây ra bởi một biến thể di

truyền trong một gen duy nhất, nhưng bị ảnh hưởng bởi các tương tác phức tạp

giữa nhiều gen cũng như các yếu tố môi trường và lối sống.

- Mặc dù các yếu tố môi trường và lối sống có ảnh hưởng đến sự phát triển

một căn bệnh, đây là khó khăn để đo lường và đánh giá hiệu quả tổng thể của họ

về quá trình bệnh. Vì vậy, tiềm năng của một cá nhân để phát triển một bệnh dựa

trên gen và các yếu tố di truyền.

- Yếu tố di truyền cũng có thể trao nhạy cảm hoặc kháng bệnh và xác định

mức độ nghiêm trọng hoặc tiến triển của bệnh. Bởi vì chúng ta vẫn chưa biết được

tất cả các yếu tố liên quan ở trong những đường phức tạp, các nhà nghiên cứu đã

tìm thấy nó khó khăn để phát triển các xét nghiệm sàng lọc cho hầu hết các bệnh

và các rối loạn. Bằng cách nghiên cứu mối liên quan của SNP với một đặc điểm

bệnh, các nhà nghiên cứu đã phát hiện các gen có liên quan với một căn bệnh. Xác

định và hiểu biết về vai trò của yếu tố di truyền trong bệnh cũng sẽ cho phép các

nhà nghiên cứu đánh giá tốt hơn vai trò của yếu tố di truyền, chẳng hạn như hành

vi, chế độ ăn uống, lối sống, và hoạt động thể chất có trên bệnh.

- Bởi vì yếu tố di truyền cũng ảnh hưởng đến phản ứng của một người điều

trị bằng thuốc, đa hình DNA chẳng hạn như SNPs sẽ là hữu ích trong việc giúp

các nhà nghiên cứu xác định và hiểu lý do tại sao các cá nhân khác nhau trong khả

năng của mình có thể hấp thụ các loại thuốc nhất định, cũng như để xác định lý do

tại sao một cá nhân có thể trải nghiệm một tác dụng phụ bất lợi cho một loại thuốc

cụ thể. Vì vậy, việc phát hiện gần đây của SNPs hứa hẹn mang đến một cuộc cách

mạng không chỉ là quá trình phát hiện bệnh nhưng thực tế thuốc phòng ngừa và

chữa bệnh.

3. SNPs và chẩn đoán bệnh:

- Vật liệu di truyền của mỗi người có một mô hình SNP độc đáo được tạo

thành nhiều biến thể di truyền khác nhau. Các nhà nghiên cứu đã tìm thấy rằng hầu

hết các SNPs không chịu trách nhiệm cho một bệnh tật nào. Thay vào đó, nó như

11

là các dấu hiệu sinh học để xác định chính xác một căn bệnh trên bản đồ hệ gen

của con người, bởi vì nó thường nằm gần một gen được tìm thấy có liên quan đến

một căn bệnh nào đó. Thỉnh thoảng, một SNP thực sự có thể gây ra một căn bệnh,

và do đó, có thể được sử dụng để tìm kiếm và cô lập các gen gây bệnh.

Để tạo một thử nghiệm di truyền, gen gây bệnh nào đó đã được xác định bởi

các nhà khoa học thu thập mẫu máu từ một nhóm các cá nhân bị ảnh hưởng bởi

căn bệnh này và phân tích DNA của họ cho các mẫu SNP. Tiếp theo, các nhà

nghiên cứu so sánh các mô hình với các mẫu thu được bằng cách phân tích ADN

từ một nhóm các cá nhân không bị ảnh hưởng bởi căn bệnh này. Loại so sánh này,

được gọi là "Hiệp hội nghiên cứu", có thể phát hiện sự khác biệt giữa các mô

hình SNP của hai nhóm, qua đó cho thấy đó là mô hình rất có thể liên quan với

gen gây bệnh. Cuối cùng, hồ sơ SNP là đặc trưng của nhiều loại bệnh khác sẽ được

thành lập. Sau đó, chỉ là vấn đề thời gian, các bác sĩ có thể xác định một người có

thể nhạy cảm với một căn bệnh nào đó chỉ bằng cách phân tích các mẫu DNA của

họ cho mô hình cụ thể SNP.

4. Phát triển SNPs và dược:

- Như đã đề cập trước đó, SNPs cũng có thể được kết hợp với độ hấp thụ và

giải phóng mặt bằng của các đại lý trị liệu. Hiện nay, không có cách nào đơn giản

để xác định làm thế nào một bệnh nhân sẽ đáp ứng với một loại thuốc cụ thể. Một

điều trị đã được chứng minh có hiệu quả trong một bệnh nhân nhưng có thể không

có hiệu quả ở những người khác. Tệ hơn nữa, một số bệnh nhân có thể trải qua

một phản ứng miễn dịch bất lợi của một loại thuốc cụ thể.

- Trong tương lai, các loại thuốc thích hợp nhất cho một cá nhân có thể được

xác định trước điều trị bằng cách phân tích hồ sơ SNP của bệnh nhân. Mục tiêu là

tạo một loại thuốc có khả năng phù hợp cho cá nhân đó, được gọi là "thuốc cá

nhân hoá", điều này sẽ cho phép các công ty dược phẩm mang lại nhiều loại

thuốc hơn cho thị trường và cho phép các bác sĩ kê toa các phương pháp điều trị

cho từng cá nhân cụ thể theo nhu cầu của bệnh nhân.

5. SNPs và NCBI

12

Bởi vì SNPs xảy ra thường xuyên trong bộ gen và có xu hướng tương đối ổn

định về mặt di truyền, nó là chỉ dấu sinh học tuyệt vời. Đánh dấu sinh học là các

đoạn DNA với một vị trí địa lý, nhận dạng có thể dễ dàng theo dõi và được sử

dụng để xây dựng bản đồ nhiễm sắc thể cho thấy vị trí của các gen đã biết được,

hoặc các dấu hiệu khác, tương đối với nhau. Những bản đồ này cho phép các nhà

nghiên cứu để nghiên cứu và xác định những đặc điểm kết quả từ sự tương tác của

nhiều gen. NCBI đóng một vai trò quan trọng trong việc tạo điều kiện thuận lợi

cho việc xác định và danh mục SNPs thông qua việc tạo ra và duy trì cơ sở dữ liệu

SNP công cộng ( dbSNP ). Công cụ mạnh mẽ di truyền có thể được truy cập bởi

các cộng đồng y sinh học trên toàn thế giới và được dự định để kích thích nhiều

lĩnh vực nghiên cứu sinh học, bao gồm cả việc xác định các thành phần di truyền

của bệnh.

NCBI "Khám phá không gian" Tạo điều kiện thuận lợi cho SNP nghiên cứu.

Các bản ghi trong dbSNP cross-chú thích trong các nguồn thông tin nội bộ khác

như PubMed, trình tự dự án bộ gen, GenBank hồ sơ, cơ sở dữ liệu Gene Entrez, và

cơ sở dữ liệu dbSTS. Người dùng có thể truy vấn dbSNP trực tiếp hoặc bắt đầu

một tìm kiếm trong bất kỳ phần nào của không gian NCBI khám phá để xây dựng

một bộ hồ sơ dbSNP đáp ứng các điều kiện tìm kiếm của họ. Hồ sơ cũng được tích

hợp với các nguồn thông tin bên ngoài thông qua siêu văn bản URL mà người

dùng dbSNP thể làm theo để tìm hiểu thông tin chi tiết đó là vượt ra ngoài phạm vi

của curation dbSNP.

Để tạo điều kiện thuận lợi cho các nỗ lực nghiên cứu, NCBI của dbSNP

được bao gồm trong hệ thống phục hồi Entrez mà cung cấp truy cập tích hợp một

số công cụ phần mềm và cơ sở dữ liệu có thể hỗ trợ trong phân tích SNP. Ví dụ,

mỗi bản ghi SNP trong các liên kết cơ sở dữ liệu để các nguồn lực bổ sung trong

"Vũ trụ Discovery của NCBI”. Tài nguyên bao gồm: GenBank , cơ sở dữ liệu

trình tự NIH của Gene Entrez điểm một đầu mối cho các gen và các thông tin liên

quan; dbSTS , NCBI của nguồn tài nguyên có chứa chuỗi và dữ liệu bản đồ trên

mốc ngắn gen; bộ gen của con người sắp xếp dữ liệu; và PubMed , tìm kiếm tài

13

liệu NCBI và hệ thống phục hồi. SNP hồ sơ cũng liên kết đến các nguồn lực bên

ngoài khác nhau có liên quan.

Cung cấp truy cập đến một trang web "một cửa SNP mua sắm" tạo điều kiện

nghiên cứu khoa học trong nhiều lĩnh vực khác nhau, từ di truyền quần thể và sinh

học tiến hóa quy mô lớn bệnh và nghiên cứu đến thuốc. Đầu tư lâu dài trong các

nghiên cứu hứa hẹn không chỉ để nâng cao sinh học của con người mà còn để

“cách mạng hóa” trong thực hành y học hiện đại.

TÀI LIỆU THAM KHẢO

1. PGS.TS Nguyễn Thị Lang và GS. TS Bùi Chí Bửu. 2005. Sinh học phân

tử giới thiệu phương pháp và ứng dụng. Nhà xuất bản Nông Nghiệp & Phát triển

Nông thôn. Trang 72-73.

2. GS. TS Bùi Chí Bửu và PGS.TS Nguyễn Thị Lang. 2008. Di truyền phân

tử. 2008. Nhà xuất bản Nông Nghiệp & Phát triển Nông thôn. Trang 180-184.

3. NCBI cơ sở dữ liệu của các đa hình đơn nucleotide (dbSNP) 4. Cơ sở dữ liệu của Nhật Bản đa hình đơn nucleotide (JSNP) News

Network Genome

5. dbSNP cơ sở dữ liệu - Từ Trung tâm Quốc gia về Thông tin Công nghệ sinh học (NCBI).

6. SNPs: Các biến thể trên một chủ đề giới thiệu cơ bản để SNPs từ Trung tâm Quốc gia về Thông tin Công nghệ sinh học (NCBI).

7. Hiểu SNPs và ung thư - Một hướng dẫn trực tuyến từ Viện Ung thư Quốc gia.

8. Diseases and Medical Response - An animated tutorial describing how DNA markers are used in medical applications. Part of the Kids Genetics website from GlaxoSmithKline.

9. Genome Variations - Questions and answers about genome variation from the Genome News Network.

10.The SNP Consortium Website: Past, Present, and Future 2003. Nucleic Acids Research 31 (1), 124-27.

11.Introduction to SNPs: Discovery of Markers for Disease 2002. BioTechniques (pdf).

12.Prospecting for Gold in Genome Gulch 2002. The Scientist .

13.Single Nucleotide Polymorphisms: From the Evolutionary Past 2001. Nature .

14

14.Single Nucleotide Polymorphisms: . . .To a Future of Genetic Medicine

2001. Nature .

15