2
FDT - probabilisztikus traktográfia 1. 1 2 3 4 5 6 1: a már feldolgozott, BedpostX- bedpostX könyvtár útvonala 2: SEED maszk. Esetünkben a Harvard- Oxford atlasz egy régiója. 3: A "seed space is not diffusion" kapcsoló beállitásával standard térben végzünk traktográfiát, nem a beteg nativ terében. Ha csak ez van bekapcsolva, lineáris transzformációt kér. 4: Seed to diffúziós kép közötti transzformációs mátrix kiválasztása (.mat file, ami a FLIRT kimenete volt) 5: TARGET maszk megadása (itt: waypoint) A TARGET maszkok listán történő megadása is lehetséges, egy egyszerü text file szerkesztésével. 6: Traktográfia kimenő könyvtára. Ebben a következők szerepelnek majd: fdt_paths.nii.gz : a valószinüségi térkép waypoints: a célba ért részecskék száma, text file. Cél: Adott régióból inditott probabilisztikus traktográfia, standard atlasz terében. A standard atlaszhoz (MNI152 templát) történő regisztráció lineáris (FLIRT). Traktográfia SEED és TARGET régió között. MÁSODIK OLDAL, OPTIONS 6 7 8 9 6: A traktográfia "pontossága": a kibocsájtott virtuális részecskék száma a seed maszk voxeleként. Az alapérték 5000, ami a DTI-k átlagos voxelméretéhez, 2x2x2 mm-hez van kalkulálva. Amennyiben atlasz terében dolgozunk, ennél kisebb érték elégséges, pl. 1x1x1 mm esetén 500-1000 (1/8 térfogat). 7: loopcheck: a kibocsájtott tracer részecskék nem juthatnak vissza a seed maszkba. 8: Euler streamlining: pontosabb útvonalkövetés (ld. fsl web) 9: Use Distance Correction. Kvantitativ vizsgálatok esetén nem bejelölendő. A probabilisztikus traktográfia azon jelenségét védi ki, ami során a seedtől való távolság függvényében lecsökken a becsapódási valószinüség. EREDMÉNY, FDT_PATHS (SEED: thalamus)

Fdt1

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: Fdt1

FDT - probabilisztikus traktográfia 1.

1

2

34

5

6

1: a már feldolgozott, BedpostX-bedpostX könyvtár útvonala

2: SEED maszk. Esetünkben a Harvard-Oxford atlasz egy régiója.

3: A "seed space is not diffusion" kapcsoló beállitásával standard térben végzünk traktográfiát, nem a beteg nativ terében. Ha csak ez van bekapcsolva, lineáris transzformációt kér.

4: Seed to diffúziós kép közötti transzformációs mátrix kiválasztása (.mat file, ami a FLIRT kimenete volt)

5: TARGET maszk megadása (itt: waypoint)A TARGET maszkok listán történő

megadása is lehetséges, egy egyszerü text file szerkesztésével.

6: Traktográfia kimenő könyvtára.

Ebben a következők szerepelnek majd:

fdt_paths.nii.gz : a valószinüségi térképwaypoints: a célba ért részecskék száma, text file.

Cél: Adott régióból inditott probabilisztikus traktográfia, standard atlasz terében. A standard atlaszhoz (MNI152 templát) történő regisztráció lineáris (FLIRT).Traktográfia SEED és TARGET régió között.

MÁSODIK OLDAL, OPTIONS

6

7

8

9

6: A traktográfia "pontossága": a kibocsájtott virtuális részecskék száma a seed maszk voxeleként.

Az alapérték 5000, ami a DTI-k átlagos voxelméretéhez, 2x2x2 mm-hez van kalkulálva. Amennyiben atlasz terében dolgozunk, ennél kisebb érték elégséges, pl. 1x1x1 mm esetén 500-1000 (1/8 térfogat).

7: loopcheck: a kibocsájtott tracer részecskék nem juthatnak vissza a seed maszkba.

8: Euler streamlining: pontosabb útvonalkövetés (ld. fsl web)

9: Use Distance Correction.Kvantitativ vizsgálatok esetén nem bejelölendő. A probabilisztikus traktográfia azon jelenségét védi ki, ami során a seedtől való távolság függvényében lecsökken a becsapódási valószinüség.

EREDMÉNY, FDT_PATHS (SEED: thalamus)

Page 2: Fdt1