Flavonoid adalah sejenis pigmen dalam apel yang berfungsi mempertahankan warna apel. Namun, flavonoid juga mempunyai manfaat mencegah penyakit jantung. Flavonoid tidak hanya terdapat dalam apel, tetapi juga ditemukan dalam teh dan bawang. Dalam suatu studi diketahui bahwa mereka yang makan apel dan pangan-panganan yang tinggi flavonoid, akan berkurang 20 persen risikonya untuk terserang penyakit jantung. Kulit apel mengandung flavonoid yang disebut quercitin. Quercitin ini mempunyai aktivitas antioksidan yang tinggi. Fungsinya adalah mencegah serangan radikal bebas sehingga dapat melindungi tubuh dari kemungkinan serangan kanker. Selain itu, antioksidan dapat mencegah oksidasi LDL sehingga proses aterosklerosis (penyumbatan pembuluh darah) dapat dihindari.

Fruktosa dalam apel termasuk kategori gula sederhana yang memberikan rasa manis alami. Fruktosa dipecah relatif lambat, terutama bila dalam keadaan terkombinasi dengan serat apel. Hal ini menyebabkan gula darah tetap dalam kondisi stabil.