Upload
others
View
28
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
1
Karakteristik Bakteri Epifit dan Endofit yang Berasosiasi pada
Daun Lamun Enhalus acoroides
Julianawita, Chandra Joei Koenawan, Fadhliyah Idris
Program Studi Ilmu Kelautan, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan,
Universitas Maritim Raja Ali Haji
ABSTRAK
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik dari bakteri epifit dan
endofit yang berasosiasi pada daun lamun E. acoroides baik secara morfologi
maupun uji biokimianya. Penelitian ini dilakukan pada bulan Mei 2017. Metode
yang digunakan pada penelitian ini adalah metode pengenceran dengan teknik
spreader pada bakteri epifit, untuk isolasi bakteri endofit menggunakan metode
solid medium dan untuk pemurnian digunakan metode strike plat. Hasil penelitian
ditemukan 21 isolat bakteri asosiasi daun lamun E.acoroides yang terdiri dari 18
isolat bakteri epifit dan 3 isolat bakteri endofit. Berdasarkan hasil pengamatan
karakteristik bakteri tersebut antara lain koloni berebentuk bulat, bulat titik dan
tidak beraturan dengan tepian utuh dan bergelombang, koloni berwarna kuning,
putih susu, kuning kehijauan dan oren. Elevasi cembung, membukit dan datar. Uji
katalase menunjukkan hasil positif sedangkan uji motil,oksidatif, fermentatif,
nitrati, sitrat, SIM, indol, MR-VP, oksidase, TSIA dan uji fermentasi gula-gulaan
(glukosa, laktosa dan sukrosa) menunjukkan hasil yang beragam ada yang positif
dan negatif. Hasil uji bakteri epifit yang ditemukan semua bergram negatif,
sedangkan endofit semuanya bergram positif dengan bentuk sel kokus dan basil.
Kata kunci: daun E. acoroides, karakteristik, bakteri, epifit, endofit
PENDAHULUAN
Lamun (seagrass) secara taksonomi termasuk dalam kelompok Angiospermae
dimana hidupnya terbatas di lingkungan laut dan umumnya hidup di perairan
dangkal wilayah pesisir (Tangke, 2010). Kelimpahan dan keanekaragaman
organisme yang hidup pada habitat padang lamun umumnya tinggi dibandingkan
dengan habitat lain. Salah satu faktor ketertarikan organisme untuk hidup menetap
2
dilingkungan tersebut yakni sebagai pruduktifitas primer yang mampu
menyediakan makanan untuk kelangsungan hidup bagi organisme yang
berasosiasi (Massinai et al., 2013). Asosiasi tumbuhan dengan mikroorganisme
dapat terjadi pada permukaan tanaman itu sendiri (epifit) seperti umumnya pada
tumbuhan air dan dapat juga bersifat endofit atau di dalam jaringan tanaman.
Salah satu mikroorganisme yang ditemukan dalam jumlah yang melimpah di
padang lamun adalah bakteri (Massinai et al., 2013). Bakteri tersebut tersebut
hidup pada helai daun dan cabang-cabang rimpang yang tegak.
Lisdayanti (2013), dalam penelitiannya telah ditemukan 18 isolat bakteri
asosiasi pada jenis lamun E. acoroides yang terdiri dari 12 jenis bakteri epifit dan
6 jenis bakteri endofit, selain itu Marhaeni (2011), dalam penelitiannya
menemukan bakteri simbion endofit pada lamun E.acoroides yang teridentifikasi
memiliki kesamaan homologi sebesar 99%, satu genus dengan bakteri
Pseudoalteromonas flavipulchra dan Bakteri dari genus Virgibacillus yang
terisolasi dari bakteri simbion epifit E. acoroides.
Berdasarkan uraian diatas mengenai bakteri asosiasi lamun, peneliti ingin
melakukan penelitian untuk mengetahui karakteristik dari bakteri epifit dan
endofit yang hidup berasosiasi pada daun lamun E.acoroides secara morfologinya
berdasarkan morfologi koloni dan uji biokimia.
BAHAN DAN METODE
Penelitian dilakukan selama 2 bulan mulai bulan Mei 2017. Pengambilan sampel
daun lamun E. acoroides dilakukan di Perairan Desa Teluk Bakau Kecamatan
Gunung Kijang Kabupaten Bintan. Isolasi bakteri dan uji biokimia bakteri
3
dilakukan di Laboratorium Stasiun Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan
Keamanan Hasil Perikanan Kelas II Kota Tanjungpinang (SKIPM Kelas II Kota
Tanjungpinang).
Alat yang digunakan dalam penelitian yaitu Laminary air flow, Waterbath
grant, Autoclave, Cawan petri, Tabung reaksi, Jarum ose, Alumunium foil,
Inkubator, Spreader, Vortex, Pembakar bunsen, kantong sampel, Timbangan
digital, Cool box, Mikroskop, Gunting, Erlenmeyer, Object glass, Hot plate,
Mikropipet, Magnetic stirer, lighter. Adapun bahan-bahan yang digunakan pada
penelitian ini anrara lain Daun lamun E. acoroides, Media Marine Broth, Agar,
Media SIM, O/F, Larutan BFP, Aquades, Parafin, KOH 3%, H2O2 3%, Alkohol
70%, Zat pewarnaan gram (safranin), Kertas sitokrom oksidase, Kovac, Nitrat
Broth, Phenol red, Glukosa, laktosa, sukrosa, Sodium Cloride, MRVP Broth,
Citrate, TSIA agar, Tryptone broth, α-naphtol, KOH 40 %, Methyl red, Sulfamid
acid, α-napthylamine.
Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode survei, yaitu
pengamatan langsung terhadap variabel yang akan diteliti, dimana data yang
dikumpulkan berupa data primer dan data sekunder. Pada isolasi bakteri epifit
metode yang gunakan adalah metode Solid Medium dengan pengenceran yang
kemudian diratakan menggunakan teknik spreader dan untuk isolasi bakteri
endofit menggunakan metode Solid Medium tanpa pengenceran. Pada pemurnian
bakteri digunakan metode cawan gores (Strike Plat).
Pengambilan sampel dilakukan pada satu stasiun dengan tiga titik pengambilan
sampel, jarak pengambilan sampel ±50 meter dari titik satu ke berikutnya. Pada
setiap titik diambil lamun sebanyak dua rimpang menggunakan gunting dan
4
masing-masing rimpang diambil satu helai daun lamun yang utuh. Kemudian
dimasukkan kedalam kantong yang berisikan air laut dan disimpan dalam
coolbox, lalu dibawa ke laboratorium. Pengambilan dan penyimpanan sampel
lamun ke dalam kantong sampel dilakukan didalam air. Hal ini dilakukan untuk
mencegah terjadinya penempelan oleh mikroba lain.
Isolasi Bakteri
Medium yang digunakan peneliti untuk menumbuhkan bakteri asosiasi lamun
adalah marine agar. Sampel daun lamun E. acoroides yang diambil dipotong
menggunakan gunting sepanjang ± 5 cm (Larkum, 1989). Lalu semprotkan
dengan larutan BFP sebanyak 3 kali untuk memperoleh bakteri epifit permanen.
Setelah itu sampel daun lamun dikerok menggunakan alat pengerok steril. Hasil
kerokan dimasukkan ke dalam 90 ml larutan BFP (gambar 2) kemudian di votex
dan diencerkan hingga diperoleh pengenceran 10-1
,10-2
, dan 10
-3. Dari masing-
masing tingkat pengenceran diambil 100 μl dengan mikropipet dan masukkan
kedalam cawan petri yang telah berisi media marine agar kemudian diratakan
dengan menggunakan spreader didekat bunsen. Seal cawan petri dengan
menggunakan kertas alumunium foil dan diinkubasi selama 2 × 24 jam pada suhu
ruang. Setelah itu dilakukan pengamatan morfologi koloni lalu dilanjutkan
pemurnian dengan metode gores.
Gambar 1. Proses pengenceran bakteri epifit
5
Untuk isolasi bakteri endofit, sampel daun lamun yang diperoleh dibersihkan
dari kotoran dengan cara mencucinya dengan air mengalir. Kemudian daun lamun
dipotong sepanjang 5 cm dan selanjutnya disterilisasi permukaannya
menggunakan larutan alkohol 70%. Setelah itu sampel dibilas dengan air steril
tiga kali. Kemudian bagian daun lamun dibelah dan diletakkan pada posisi
tertelungkup saat ditanam di dalam media agar lalu diinkubasi dalam inkubator
pada suhu kamar selama 2-4 hari. Setelah mikroba tumbuh dilakukan pemurnian.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil isolasi dari 6 sampel daun lamun E. acoroides yang terdiri dari 3 sampel
untuk bakteri epifit dan 3 sampel untuk bakteri endofit diperoleh sebanyak 21
strain isolat bakteri asosiasi daun lamun E. acoroides yang terdiri dari 18 strain
isolat bakteri epifit dan 3 strain isolat bakteri endofit.
Gambar 2. Salah satu hasil isolasi bakteri asosiasi lamun E.acoroides: (a) epifit
(b) endofit
Bakteri endofit hanya dapat diketahui keberadaannya dengan mengisolasi pada
media agar, namun jumlahnya tidak dapat ditentukan secara pasti (Bacon &
Hinton, 2006). Besar kecilnya jumlah isolat yang ditemukan kemungkinan
disebabkan adanya perbedaan kondisi lingkungan maupun kandungan nutrien
yang terdapat pada perairan tempat pengambilan sampel lamun. Hal ini juga
diungkapkan oleh Railkin (2004), bahwa banyaknya jumlah dan jenis isolat
bakteri yang terisolasi dari daun lamun sangat dipengaruhi oleh ketersediaan
6
nutrien bagi bakteri di perairan tempat lamun tersebut tumbuh. Rendahnya kondisi
nutrien di perairan akan menyebabkan bakteri cenderung untuk melekat ke
permukaan padat dalam hal ini lamun, sehingga kesempatan bakteri untuk
mendapatkan nutrisi menjadi lebih tinggi (Dewanti & Haryadi, 1997).
Karakteristik dan Morfologi Koloni Bakteri epifit dan Bakteri Endofit
Asosiasi Lamun E. acoroides
a. Morfologi Koloni Bakteri Epifit dan Endofit Asosiasi Daun Lamun
E.acoroides
Pengamatan karakteristik morfologi koloni meliputi warna, bentuk, tepi dan
elevasi. Berikut ini tabel hasil pengamatan morfologi koloni bakteri dan
karakteristik bakteri epifit dan bakteri endofit asosiasi pada daun lamun E.
acoroides yang berasal dari perairan Teluk Bakau Kecamatan Gunung Kijang
Kabupaten Bintan.
Tabel 1. Morfologi koloni bakteri epifit daun lamun E. acoroides Sampel
Epifit E.
acoroides
Kode
Sampel
Morfologi Koloni Gram
Bentuk
Sel Warna Bentuk Tepi Elevasi
Epifit
Titik 1
EP.1 A Kuning Bulat Utuh Membukit Negatif Kokus
EP.1 B Putih susu Bulat Utuh Membukit Negatif Kokus
EP.1 C Putih susu Bulat Utuh Membukit Negatif Kokus
EP.1 D Krim Bulat Utuh Membukit Negatif Kokus
EP.1 E Putih susu Bulat
titik
Utuh Cembung Negatif Kokus
EP.1 F Putih susu Titik Utuh Cembung Negatif Basil
Epifit
Titik 2
EP.2 A Kuning Bulat Utuh Membukit Negatif Basil
EP.2 B Putih susu bulat
titik
Utuh Cembung Negatif Batang
pendek
EP.2 C Kuning Bulat Utuh Cembung Negatif Kokus
EP.2 D Putih susu Bulat
titik
Utuh Membukit Negatif Kokus
EP.2 E Kuning Bulat Utuh Membukit Positif Kokus
EP.2 F Putih susu Bulat
titik
Utuh Membukit Negatif Kokus
Epifit
Titik 3
EP.3 A Oranye Tidak
beraturan
Bergelo
mbang
Membukit Negatif Batang
7
EP.3 B Kuning Bulat
titik
Utuh Cembung Negatif Kokus
EP.3 C Putih susu Bulat
titik
Utuh Membukit Negatif Kokus
EP.3 D Putih susu Bulat Utuh Membukit Negatif Batang
EP.3 E Kuning
kehijauan
Bulat Utuh Membukit Negatif Batang
pendek
EP.3 F Kuning Bulat Utuh Membukit Negatif Kokus
Tabel 2. Morfologi koloni bakteri endofit daun lamun E. acoroides
Sampel
Endofit
Kode
Sampel
Morfologi Koloni Gram
Bentuk
Sel Warna Bentuk Tepi Elevasi
EA titik 1 EN T.1 Putih
susu
Tidak
beraturan Bergelombang Membukit Positif Basil
EA titik 2 EN T.2 Putih
susu
Tidak
beraturan Bergelombang Membukit Positif Basil
EA titik 3 EN T.3 Putih
susu
Tidak
beraturan Bergelombang Datar Positif Kokus
Keterangan: EA= E. acoroides
Berdasarkan diatas (tabel 1) diketahui morfologi koloni bakteri epifit lamun
E.acoroides diperoleh bentuk koloni yaitu bulat, bulat titik dan tidak beraturan
dengan warna koloni ada yang kuning, putih susu, oren, dan kuning kehijauan.
Tepi koloni ada yang utuh dan bergelombang, tetapi lebih banyak ditemukan
tepian yang utuh. Elevasi terlihat cembung dan ada yang membukit.
Dari hasil pemurnian bakteri endofit diambil hanya satu koloni bakteri saja
pada setiap cawan petri dikarenakan bakteri yang diisolasi memiliki ciri morfologi
yang sama pada setiap cawannya, sehingga diperoleh sebanyak 3 strain isolat
bakteri endofit dari total 3 sampel daun lamun. Berdasarkan hasil pengamatan
morfologinya (tabel 2) bakteri EN T.1 dan bakteri EN T.2 memiliki ciri morfologi
yang sama dimana koloni keduanya berwana putih susu, tidak beraturan,
bergelombang, dan membukit. Sedangkan sampel EN T.3 memiliki ciri morfologi
berwana putih susu, tidak beraturan, bergelombang dan datar. Hal ini sesuai
dengan pernyataan dari Cappucino & Sherman (1987), yang mengatakan
8
umumnya bentuk koloni bakteri ada yang berbentuk circular, irregular,
filamentous, rhizoid dengan elevasi berbentuk raised, convex, flat, umbonate,
crateriform dan margin yang berbentuk entire, undulate, filiform, curled dan
lobate.
Berdasarkan hasil uji gram dengan KOH 3% dari 18 isolat bakteri epifit
asosiasi daun lamun E. acoroides diketahui semuanya bergram negatif yang
ditandai dengan reaksi akhir terdapatnya gel (lengket) saat bakteri pada jarum ose
di inokulasikan ke object glass yang telah diteteskan KOH 3%. Sesuai dengan
pernyataan Suwanda (2008), yaitu apabila suspensi reaksi bakteri berubah
menjadi berlendir, lengket dan terangkat seperti benang bersama jarum ose,
berarti bakteri bergram negatif (-). Ini dikarenakan kelompok bakteri gram negatif
memiliki komponen peptidoglikan yang tipis, sehingga selnya mudah pecah
(Waluyo, 2005). Pada bakteri gram positif lapisan peptidoglikannya tebal,
terdapat 40 lembar yang merupakan 50% dari keseluruhan material dinding selnya
(Anggraini et al., 2016). Pada bakteri Gram negatif hanya terdapat satu atau dua
lembar peptidoglikan meliputi 5 – 10% dari keseluruhan material dinding sel,
(Jawetz et al., 2010 in Anggraini et al., 2016). Hasil uji gram pada bakteri endofit
asosiasi daun lamun E. acoroides diperoleh morfologi sel bakteri berbentuk basil
(bakteri EN T.1 dan bakteri EN T.2) dan kokus pada bakteri EN T.3, semuanya
bergram positif.
Berdasarkan hasil pengamatan bentuk sel (lihat tabel 1 dan tabel 2) isolat
bakteri epifit dan bakteri endofit asosiasi daun lamun E.acoroides pada penelitian
ini lebih banyak ditemukan berbentuk kokus dibandingkan basil. Pelczar & Chan
(1986a), mengatakan bahwa bakteri yang berbentuk bulat (coccus) kebanyakan
9
hidup saling melekatkan satu sama lain dengan membentuk kumpulan yang kuat
karena adanya bahan yang dihasilkan seperti lendir. Bakteri basil umumnya
memiliki alat gerak berupa flagel sehingga memungkinkan untuk dapat hidup
bebas diperairan. Flagellum berfungsi sebagai alat gerak pada beberapa jenis
bakteri yang berbentuk batang dan spiral (ZoBell, 1946).
Gambar 4. Bentuk sel bakteri endofit E.
acoroides dilihat dengan
mikroskop pada
pembesaran 1000x.(a)
kokus: EN T.3 (b) basil: EN
T. 2. sumber: data primer
Gambar 5. Bentuk sel bakteri epifit E.
acoroides dilihat dengan
mikroskop pada pembesaran
1000x.(a)kokus (b)basil
(c)rod:batang pendek
(d)basil. sumber: data
primer
a. Karakteristik Bakteri Epifit Dan Bakteri Endofit Asosiasi Pada Daun
Lamun E. Acoroides Berdasarkan Uji Biokimia
Tabel 3. Karakteristik bakteri epifit asosiasi daun lamun E. acoroides berdasarkan
hasil uji biokimia
Uji
Biokimia
Kode sampel
Epifit Titik 1 Epifit Titik 2 Epifit Titik 3
EP
T.1
A
EP
T.1
B
EP
T.1
C
EP
T.1
D
EP
T.1
E
EP
T.1
F
EP
T.2
A
EP
T.2
B
EP
T.2
C
EP
T.2
D
EP
T.2
E
EP
T.2
F
EP
T.3
A
EP
T.3
B
EP
T.3
C
EP
T.3
D
EP
T.3
E
EP
T.3
F
Motil + + + + + + + + + + + + - + + + + +
Citrat + + + + + + + + + + + + - + + + + +
O/F F F F F F F F F F F F F O F F F O F
MR + - - + + - + - + - + - - + + - - +
VP - - + + + + + + + + + + + + - + + +
10
TSIA:
Buth a a a a a a a a a a a a k a a a a a
Slant a a k k a k k k k k k k k a a k a a
H2S - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Indol + - - - + - - - - - + - - + + - - -
Catalase + + + + + + + + + + + + + + + + + +
Oxidase + + + + - + + + + + + - + + + + - +
Nitrate + - - - - + - - + - - - - + + + + +
Glucose :
Asam
Gas
+ + + + + + + + + + + + + + + + + +
+ + - + + + + + + - + + - + + - - +
Laktose - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Sucrose + + + + + + + + + + + + - + + + + +
Keterangan: Slant: daerah lereng a: asam O: oksidatif
Buth: daerah dasar k: basa F: fermentatif
Tabel 4. Karakteristik bakteri endofit lamun E. aoroides berdasarkan hasil uji
biokimia
Uji Biokimia Kode Sampel
ENDO T.1 ENDO T.2 ENDO T.3
Motil - - -
Citrat - - -
O/F - - -
MR - - +
VP + + +
TSIA:
Buth (dasar) basa basa asam
Slant (lereng) asam asam basa
H2S - - -
Indol - - -
Catalase + + +
Oxidase + + +
Nitrate - - +
Glucose :
Asam
Gas
+ + +
- - +
Laktose - - -
Sucrose - - -
Prinsip pengujian motilitas adalah melihat pergerakan bakteri. Uji motil dari 18
isolat bakteri epifit lamun E.acoroides menunjukkan hasil motil dan non-motil,
dominannya bersifat motil. Pada isolat bakteri endofit semuanya menunjukkan
hasil negatif (non-motil).
11
Uji sitrat biasanya digunakan untuk melihat kemampuan bakteri dalam
menggunakan sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon. Dari total 18 isolat
bakteri epifit yang diuji, 17 isolat menunjukkan reaksi positif yang ditandai
dengan adanya perubahan warna hijau menjadi biru pada media sitrat, tetapi
isolat bakteri EP T.3 A menunjukkan reaksi negatif dimana medianya tetap
berwanna hijau. Sedangkan isolat bakteri endofit menunjukkan hasil negatif
semua yang ditandai dengan tidak berubahnya warna pada media sitrat.
Tujuan uji oksidatif/fermentatif adalah untuk mengetahui kemampuan bakteri
memproduksi asam dari berbagai jenis karbohidrat secara oksidatif atau
fermentatif. Dengan indikator bromthymol blue, asam yang diproduksi oleh
bakteri akan menyebabkan perubahan warna pada media dari hijau menjadi
kuning. Pada 18 isolat bakteri epifit diperoleh hasil fermentatif dan ada yang
oksidatif, dominannya bersifat fermentatif. Hanya isolat bakteri EP T.3 A dan
bakteri EP T.3 E menunjukkan hasil oksidatif. Sedangkan pada isolat bakteri
endofit semuanya menunjukkan hasil negatif. Menurut Harry et al. (1962) in
Anggraini et al. (2016), bakteri memiliki kebutuhan oksigen yang berbeda.
Uji katalase dilakukan untuk mengetahui apakah bakteri tersebut memiliki
enzim katalase atau tidak. Enzim ini berfungsi melindungi bakteri dari hidrogen
perioksida. Bakteri pada kondisi tertentu akan menghasilkan hidrogen peroksida
yang merupakan racun karena dapat merusak sistem metabolisme bakteri,
(Tanjung et al., 2015). Berdasarkan hasil uji pada 21 isolat bakteri asosiasi lamun
E. acoroides semua menunjukkan hasil reaksi positif (+). Artinya semua isolat
bakteri epifit dan endofit asosiasi lamun E. acoroides tersebut memiliki enzim
katalase.
12
Uji oksidase bertujuan untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam
menghasilkan enzim oksidase. Dari 18 isolat bakteri epifit setelah dilakukan uji
oksidase, 15 diantaranya bersifat positif sedangkan sisanya yaitu bakteri EP T.1 E
sampel titik satu, bakteri EP T.2 F sampel titik dua dan bakteri EP T.3 E sampel
titik tiga menunjukkan hasil negatif. Menurut Lay (1994), bakteri yang bersifat
positif pada uji oksidasi ini menunjukkan bahwa bakteri tersebut memiliki enzim
oksidase.
Setelah dilakukan uji MR pada seluruh bakteri epifit asosiasi daun lamun E.
acoroides, isolat bakteri EP T.1 A, EP T.1D, EP T.1E, EP T.2 A, EP T.2 C, EP
T.2 E, EP T.3B, EP T.3C dan EP T.3F menunjukkan hasil positif, dan sisanya
yaitu bakteri EP T.1B, EP T.1 C, EP T.1 F, EP T.2 B, EP T.2 D, EP T.2, EP T.2 F,
EP T.3 A, EP T.3 D, EP T.3 E menunjukkan hasil negatif. Pada bakteri endofit
diperoleh hasil negatif pada isolat EN T.1 dan isolat EN T.2, sedangkan isolat EN
T.3 positif. Uji ini digunakan untuk menentukan adanya fermentasi asam
campuran. Hasil uji MR dikatakan negatif ditandai dengan tidak terbentuknya
warna merah pada medium setelah ditetesi methyl red. Artinya isolat bakteri
tersebut dalam fermentasi glukosa tidak menghasilkan asam dengan konsentrasi
tinggi (Huda & Salni, 2012).
Uji Voges Proskauer (VP) digunakan untuk mengidentifikasi mikroorganisme
yang melaksanakan fermentasi 2,3 butanadiol (Lay, 1994). Uji ini dilakukan
dengan menambahkan 40% KOH dan 5% larutan alfa naftol pada saat
pengamatan. Berdasarkan hasil uji pada seluruh isolat bakteri epifit lamun
E.acoroides, VPnya lebih banyak hasil positif dibandingkan hasil negatif. Hasil
VP negatif hanya terdapat pada bakteri EP T.1 A dan bakteri EP T.1 B sampel
13
titik 1 dan EP T.3 C pada sampel titik 3. Pada uji bakteri endofit menunjukkan
hasil positif pada ketiga isolat bakteri.
Pada media TSIA mengandung 3 macam karbohidrat yaitu glukosa, laktosa
dan sukrosa. Tujuan dilakukannya uji ini adalah untuk mengetahui kemampuan
bakteri untuk melihat adanya pembebasan sulfida yang ditunjukkan dengan
adanya warna hitam pada permukaan medium. Indikatornya adalah phenol red
yang menyebabkan perubahan warna dari merah orange menjadi kuning dalam
suasana asam. TSIA positif ditandai dengan adanya warna kuning pada bagian but
dan slant media. Artinya bakteri-bakteri ini melakukan fermentasi terhadap
glukosa, laktosa, dan sukrosa (Anggraini et al., 2016). Pengujian TSIA pada 18
isolat bakteri epifit menunjukkan hasil (a/k) artinya bakteri hanya memfermentasi
glukosa, (a/a) artinya bakteri mampu memfermentasi semua karbohidrat dan (k/k)
artinya bakteri tidak memfermentasi semua karbohidrat. Uji pada 3 isolat bakteri
endofitnya diperoleh hasil (k/a) pada bakteri EN T.1 dan EN T.2 dan (a/k) pada
bakteri EN T.3.
Uji indol bertujuan untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam menghasilkan
indol. Berdasarkan hasil uji indol pada 18 isolat bakteri epifit diperoleh hasil
negatif lebih banyak dari positif. Adapun 5 isolat bakteri epifit yang menunjukkan
hasil indol positif yaitu EP T.1 A, EP T.1 E, EP T.2 E, EP T.3 B, dan isolat EP
T.3 E. Untuk isolat bakteri endofit semuanya menunjukkan hasil negatif. Ini
menandakan bahwa isolat bakteri endofit tidak menghasilkan indol dari
tryptophan (Anggraini et al., 2016).
Pengujian reduksi nitrat pada 18 isolat bakteri epifit menunjukkan hasil positif
dan negatif, dimana hasil positif lebih banyak terdapat pada sampel bakteri epifit
14
titik 3 dan hasil negatif dominan terdapat pada sampet epifit titik 1 dan epifit titik
2. Pada bakteri endofit diperoleh hasil negatif pada bakteri EN T. 1 dan EN T.2
sedangkan bakteri EN T.3 menunjukkan hasil positif. Uji ini dilakukan bertujuan
untuk mengidentifikasi bakteri yang menggunakan nitrat sebagai akseptor
elektron terakhir serta untuk mengetahui apakah bakteri tersebut memiliki enzim
reduktase yang dapat mereduksi nitrat.
Uji gula bertujuan untuk mendeterminasi kemampuan bakteri dalam
mendegradasi gula dan menghasilkan asam organik yang berasal dari setiap jenis
gula (Kismiyati et al., 2009). Pada penelitian ini menggunakan tiga jenis gula
yaitu glukosa, laktosa dan sukrosa. Menurut Lay (1994), dalam proses fermentasi,
bakteri yang ditumbuhkan dalam media cair yang mengandung karbohidrat, maka
hasil fermentasi berupa asam. Uji glukosa pada seluruh isolat bakteri epifit
asosiasi daun lamun E. acoroides didapat hasil semuanya positif (asam) tetapi
hanya beberapa bakteri saja terdapat gas pada tabung durhamnya antara lain
bakteri EP T.1 C yang berasal dari sampel titik 1, bakteri epifit titik 2 yaitu EP T.2
D dan bakteri epifit EP T.3 A dan EP T.3 D. Untuk uji laktosa semua bakteri
epifit asosiasi pada daun lamun E. acoroides diperoleh hasil negatif. Sedangkan
pada uji sukrosanya menunjukkan hasil positif semua, kecuali isolat bakteri EP
T.3 A sedangkan pada isolat bakteri endofitnya setelah dilakukan uji glukosa,
laktosa dan sukrosa ketiganya menunjukkan hasil positif hanya pada fermentasi
glukosa saja dimana laktosa dan sukrosa tidak difermentasi. Tetapi glukosa yang
terdapat gas hanya pada isolat bakteri EN T.3 saja.
Berdasarkan hasil pengujian dari 18 isolat bakteri epifit yang berasal dari 3 titik
pengambilan sampel daun lamun E. acoroides diketahui bahwa semua isolat
15
bakteri tersebut memiliki karakteristik yang berbeda satu sama lain. Tidak
ditemukannya bakteri epifit yang sejenis pada sampel daun lamun tersebut dapat
disebabkan oleh beberapa kemungkinan. Perbedaan jenis bakteri epifit yang
diperoleh pada penelitian ini dapat disebabkan pada pengambilan sampel daun
lamun E. acoroides dengan ukuran yang berbeda. Sampel daun lamun E.
acoroides yang diambil pada setiap titik stasiun kira-kira berukuran panjang ± 30–
50 cm. Adanya perbedaan umur dan perkembangan daun pada setiap helai
rimpang juga mempengaruhi jumlah dan jenis dari bakteri epifit dimana semakin
panjang daun lamun menunjukkan umur lamun daun yang semakin tua, serta
semakin banyak pula bakteri yang hidup pada daun lamun tersebut. Hassenrück et
al. (2015), juga mengatakan bahwa dengan seiring bertambahnya usia daun pada
lamun maka tutupan epifit akan semakin meningkat. Selain itu penanaman bakteri
lamun yang dilakukan tanpa pengulangan pada setiap sampelnya juga merupakan
salah satu penyebab tidak ditemukannya karakteristik bakteri epifit yang sejenis
dari jenis lamun yang sama.
Pada bakteri endofit hasil pengamatan koloni dan uji biokimia menunjukkan
bahwa isolat bakteri EN T.1 dan EN T.2 memiliki karakteristik yang sama dan
bergram positif. Adanya kehadiran bakteri endofit bergram positif pada daun
lamun E. acoroides kemungkinan berasal dari sedimen. Ini sesuai dengan
pernyataan Pelczar & Chan (2005b), yang mengatakan bahwa bakteri laut 95%
adalah bakteri gram negatif, sebagian aktif bergerak sedangkan bakteri gram
positif sebagian besar berada pada sedimen.
16
KESIMPULAN
Berdasarkan hasil pengamatan karakteristik bakteri epifit dan endofit yang
berasosiasi pada daun lamun E. acoroides diperoleh 18 isolat bakteri epifit dengan
karakteristik yaitu koloni berebentuk bulat, bulat titik dan tidak beraturan dengan
tepian utuh dan bergelombang, koloni berwarna kuning, putih susu, kuning
kehijauan dan oren. Elevasi koloni berbentuk cembung (convex) dan membukit
(raised), dari hasil uji motil dan sitrat menunjukkan semua nya bersifat positif
kecuali isolat bakteri EP T.3 A bersifat nonmotil dan tidak dapat menggunakan
sitrat sebagai sumber karbonnya. Pada uji O/F bersifat fermentatif dan ada juga
oksidatif, MR sebagian bersifat positif dan sebagian negatif, pada uji VP bakteri
lebih banyak bersifat positif dibandingkan negatif. TSIA: (H2S) semuanya
bersifat negatif. Pada uji indolnya lebih banyak menunjukkan hasil positif dari
negatif. Untuk uji katalase semua isolat menunjukkan hasil positif, nitrat sebagian
dapat tereduksi positif dan sebagian tidak negatif. Pada uji fermentasi gula-gulaan,
semua bakteri epifit mampu memfermentasi glukosa tetapi hanya beberapa bakteri
saja yang bersifat gas, laktosa tidak di fermentasi, sedangkan pada sukrosa
sebagian besar mampu memfermentasi sukrosa menjadi asam hanya bakteri EP
T.3 A yang tidak memefermentasi sukrosa. Semuanya bergram negatif dengan
bentuk sel lebih didominasi kokus dan beberapa berbentuk basil.
Pada hasil uji dari 3 isolat bakteri endofit asosiasi daun lamun E. acoroides
yang berasal dari tiga titik pengambilan sampel diperoleh karakteristik yaitu
bentuk koloni tidak beraturan (irregular) berwarna putih susu, bergelombang
(undulate), elevasi membukit (raised) dan datar (flat), bersifat non motil. Untuk
sitrat, O/F, TSIA, indol, dan nitrat menunjukkan hasil negatif, MR negatif pada
17
bakteri EN T.1 dan EN T.2, positif pada EN T.3. VP menunjukkan hasil positif
semua. Uji gula-gula hanya memfermentasi glukosa tanpa gas kecuali isolat EN
T.3 glukosanya terdapat gas. nitrat direduksi Semuanya bergram positif positif
dengan bentuk sel basil pada EN T.1 dan EN T.2, sedangkan bakteri EN T.3
bentuk selnya kokus. Dari ketiga isolat bakteri tersebut di ketahui isolat bakteri
endofit EN T.1 dan EN T.2 memiliki karakteristik yang sama.
UCAPAN TERIMAKASIH
Penulis mengucapkan terimakasih kepada semua pihak yang telah memberikan
masukan, bimbingan, bantuan serta dukungan dalam penyelesaian skripsi ini,
Chandra Joe Koenawan, S.Pi., M.Si. selaku pembimbing utama dan Fadhliyah
Idris, S.Pi., M.Si. selaku pembimbing pendamping. Orang tua dan keluarga yang
telah memberikan dukungan tanpa mengenal jarak dan waktu baik secara moril
maupun materil sehingga terselesaikannya tugas akhir ini. Serta rekan-rekan
seperjuangan yang tidak bisa disebutkan satu persatu yang tidak bosan-bosannya
memberi dukungan dan telah banyak membantu dalam proses penyelesaian
penelitian ini.
DAFTAR PUSTAKA
Anggraini, R., Aliza, D., Mellisa, S., 2016. Identifikasi Bakteri Aeromonas
Hydrophila Dengan Uji Mikrobiologi Pada Ikan Lele Dumbo (Clarias
gariepinus) Yang Dibudidayakan Di Kecamatan Baitussalam Kabupaten
Aceh Besar. Jurnal Ilmiah Mahasiswa Kelautan dan Perikanan Unsyiah. 1(2):270-286
Bacon, C.W., Hinton, D.M., 2006. Bacterial Endophytes: The Endophytic Niche,
Its Occupants, And Its Utility. Plant-Associated Bacteria. 155–194.
18
Cappucino, J.G., Sherman, N., 1987. Microbiology, A Laboratory Manual.
California, Menko Park.
Dewanti, R., Haryadi., 1997. Pembentukan Biofilm Bakteri Pada Permukaan
Padat. Buletin Teknologi dan Industri Pangan. 8: 70-76.
Hassenrück, C., Laurie C., Hofmann., Kai, B., Ramette, A., 2015. Seagrass
Biofilm Communities At A Naturally CO2-rich Vent. Environmental
Microbiology Reports. 7(3): 516–525.
Huda, C., Salni, M. 2012. Penapisan Aktivitas Antibakteri dari Bakteri yang
Berasosiasi Dengan Karang Lunak Sarcophyton sp. Maspari Journal 4(1), 69-
76.
Kismiyati., Subekti, S., Yusuf, R.W.N., Kusdarwati, R., 2009. Isolasi dan
Identifikasi Bakteri Gram Negatif Pada Luka Ikan Maskoki (Carassius
Auratus) Akibat Infestasi Ektoparasit Argulus sp. Jurnal Ilmiah Perikanan
Dan Kelautan. 1(2): 129-134
Lay, B.W., 1994. Analisis Mikroba di Laboratorium. PT Raja Grafindo Persada.
Larkum, A.W.D., Mc Comb, A.J., Shepherd, S.A. 1989. Biology Of Seagrasses:
A Treatise On The Biology Of Seagrasses With Special Reference To
Australian Region. Publisher Summary Elsevier, Amsterdam: 6-73.
Lisdayanti, E., 2013. Potensi Antibakteri Dari Bakteri Asosiasi Lamun (Seagrass)
Dari Pulau Bonebatang Perairan Kota Makassar. [Skripsi]. Universitas
Hasanuddin.
Marhaeni, B., 2011. Potensi Bakteri Simbion Tumbuhan Lamun Sebagai
Penghambat Terjadinya Bifouling Di Laut. [Disertasi]. Pascasarjana Institut
Pertanian Bogor.
Massinai, A., Haris, A., Lisdayanti, E., Gosary, B.A., 2013. Lamun Pulau
Bonebatang Kepulauan Spermonde dan Bakteri Asosiasinya. Jurnal
Universitas Hasanuddin: 1-11.
Pelczar, M.J., Chan, E.C.S., 1986a. Dasar-Dasar Mikrobiologi, Jilid 1.
Hadioetomo, R.S., penerjemaah. Universitas Indonesia press.
Pelczar, M.J., Chan, E.C.S., 2005b. Dasar-dasar Mikrobiologi 2. Universitas
Indonesia Press.
Railkin, A.I., 2004. Marine Biofouling. Colonization processes and defence.
Chemical Rubber Company Press.
Suwanda., 2008. Pedoman Diagnosis Golongan Bakteri OPTK. Departemen
Pertanian Badan Karantina Pertanian.
19
Tangke, U. 2010. Ekosistem Padang Lamun (Manfaat, Fungsi dan Rehabilitasi).
Jurnal Ilmiah agribisnis dan Perikanan (agrikan Universitas Muhammadiyah
Maluku Utara-Ternate) 3(1): 9-29.
Tanjung, S.R., Hasanah, U., Idramsa, 2015. Karakterisasi Bakteri Endofit
Penghasil Fitohormon IAA (Indole Acetic Acid) Dari Kulit Batang
Tumbuhan Raru (Cotylelobium melanoxylon). Jurnal Biosains. 1(1): 49-55
Waluyo, L. 2005. Mikrobiologi Umum. Universitas Muhammadiyah Malang
Press.
ZoBell, C.E., 1946. Marine Microbiology A Monograph On Hydrobacteriology.
Published By The Chronica Botanica Company.