Upload
dara
View
67
Download
3
Embed Size (px)
DESCRIPTION
Kvantitatiivne geneetika. Koevolutsioon. Õppejõud: Lauri Saag, [email protected] Slaidid: Eva-Liis Loogväli 04.03.2014. Tänaste teadmiste valguses fenotüüpi genotüübi põhjal ennustada ei osata enamuste tunnuste puhul isegi mitte kõige lihtsamate organismide jaoks. - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
Kvantitatiivne geneetika
Õppejõud: Lauri Saag, [email protected]
Slaidid: Eva-Liis Loogväli
04.03.2014
Koevolutsioon
Tänaste teadmiste valguses fenotüüpi genotüübi põhjal ennustada ei osata enamuste tunnuste puhul isegi mitte kõige lihtsamate organismide jaoks.
Enamuse organismide kohta puuduvad genoomiandmed. Kui need ka olemas on, siis vaid vähestelt indiviididelt. Kui ka valim oleks suur, siis on tegemata kvantitatiivseid tunnuseid mõjutavate lookuste i) identifitseerimine, ii) funktsionaalne kirjeldamine.
Lahendus: Kvantitatiivne geneetika tegeleb pidevate tunnuste pärandumisega uurides populatsiooni summaarseid statistikuid.
1.põlvkond2.põlvkond
sag
ed
us
tunnuse väärtus
1 lookus; 2 alleeli A;a täielik dominantsus
1 lookus; alleelid A;a kodominantsus
6 lookust; igas 2 alleeli palju lookusi; igas 2 alleeli
Iga alleel suurendab või vähendab nt noka suurust
Polügeenseid tunnuseid mõjutavad paljud geenid
25 5 5
Lisaks geenidele võib ka ainult keskkonnafaktor tekitada tunnuse pideva jaotuse
keskkonna muutujat pole
1. keskkondlik muutuja -10,-5,0,+5,+10
+2. keskkondlik muutuja -10,-5,0,+5,+10
P(fenotüübiline varieeruvus) = G(genotüübiline var.) + E(keskkondlik var.)
Tunnuse varieeruvuse määravad geneetiline ja keskkondlik komponent:
Galápagose arhipelaag, Darwini vindid
Nokasuurust määravad geenid ei ole teada, kuid saab uurida päritavust ja seost keskkonnaga.
maasirgud:G.magnirostris suurnokk-maasirkG.fortis tume-maasirk
puuviljasirk
Putuktoidulised:puusirkmagroovisirk, jt
“Darwini vindid”
tume-maasirk viljadTribulus cistoides
purustab vilja 26kg, 2sek
sööb 4-6 seemet, 7sek
suurnokk-maasirk
avab vilja osaliselt 6kg, 7sek
sööb 1-2 seemet, 15sek
Eeldatavasti tume-maasirgul sõltuvalt toidulauast suundumus suurema/väiksema noka suunas juhul kui
Daphne Major saar
•väiksemad sirgud on edukamad väikeste viljadega•noka suurus on päritav
järg
last
e no
ka s
uuru
s m
m
vanemate keskmine noka suurus mm
Noka suurus on päritav:
Pop
ula
tsio
on
i su
uru
s
•jaanuar-mai kuum ja märg, 1977 põud•populatsioon kahanes 1200 -> 180•isased-emased 5:1•ellu jäid suuremad linnud•järgmine põlvkond 4% suurem
Noka ja viljade suuruse seose kontroll
Seem
ned
läb
imõõd
u/k
esta
tu
gevu
se in
deks
Seem
nete
hu
lk (
g/m
2)
G.
Fort
is
Pop
ula
tsio
on
i su
uru
sVilju oli vähem, need olid suuremad ja kõvemad
1983 El Niño tekitas pika vihmaperioodi ja väikseid vilju oli väga palju. Kas noka suurus muutus väiksemaks? - nokad muutusidki keskmiselt 2.5% väiksemaks
Järgmine El Niño oli 1987, kuid sel korral seemnesuurus ei muutunud - ei muutunud ka noka suurus
Noka suurus sõltub seemnete suurusest
Näide kvantit.tunnuse pärandumisestPopulatsiooni keskmise väärtuse leidmine tunnusele
Olgu näiteks noka suurus AA, Aa 10 mm aa 5 mm
Alleeli a sageduse 50% korral, oleks populatsiooni keskmine noka suurus 8.75 mm: AA 0,25 10 2,5
Aa 0,50 10 5aa 0,25 5 1,25
8,75
Kui a sagedus on 0.75, siis populatsiooni keskmine 7,2mm: AA 0,0625 10 0,625
Aa 0,3750 10 3,750aa 0,5625 5 2,813
7,188
Kui keskmine on 8,75mm, siis AA ja Aa fenotüüp (10mm) on P = +1.25 mmaa fenotüüp (5mm) P= -3.75 mm
Fenotüüp väljendatakse alati kõrvalekaldena populatsiooni keskmisest
Kui keskmine on 7,2mm, siis P(AA,Aa)= +2.8 mm P(aa)= -2.2 mm
Ristates AA isendeid populatsioonist juhuslikult võetud indiviidiga saame alati fenotüübi P=+1.25mm, s.t. sama mis sellel vanemal.
Aa isendite juhuslikul ristamisel:75% P= +1.25mm25% P= -3.75mm
keskmine P=0mm
Kuigi Aa isendite nokk oli populatsiooni keskmisest suurem, siis nende järglastel keskmiselt on populatsiooni keskmine fenotüüp - kõrvalekalle ei pärandunud.
Kõrvalekalded populatsiooni keskmisest võivad (osaliselt) päranduda või mitte üldse päranduda.
Teades aditiivset komponenti saame ennustada tunnuse muutust järgmises põlvkonnas.
Aditiivsel komponendil on kvantitatiivses geneetikas analoogne roll Mendeli reeglitega ühe ja mitmelookuselises populatsioonigeneetikas.
G(genotüübiline) = A(aditiivne) + D(mitteaditiive)pärandub ei pärandu
Evolutsiooniliselt loeb ainult see osa varieeruvusest, mis pärandub ehk aditiivne varieeruvuskomponent
Aditiivne osa varieeruvusest tehakse kindlaks eksperimentaalselt:
Fenotüübiline sarnasus sugulaste vahel tuleneb jagatud alleelidest, mis panustavad tunnuse varieeruvuse aditiivsesse komponenti.
P = E + GP = E + A + D
x – isendi fenotüüp
Aditiivne fenotüübilise varieeruvuse komponent = 2X kui palju teatud tunnuseväärtusega indiviidi(de) järglaskond erineb populatsiooni keskmisest, juhuslikul paardumisel teiste pop-i liikmetega.
Nt 7mm nokaga indiviidide juhuslikul paardumisel järglased on pop-i keskmisest 1mm pikema nokaga – aditiivne osa nokapikkuse varieeruvusest oli +2mm selles rühmas.
Vanempopulatsiooni keskmine
vanemadkeskmiseltjärglaskond
keskmiselt
0
Ülesanne aditiivse varieeruvuse leidmisest tunnusele
•Kas jalgade arv koertel on päritav tunnus?
Ei ole. Tunnus millel varieeruvus populatsioonis puudub ei ole päritav.
P
A
V
Vh 2
0 ... 1
Tunnuse päritavus on aditiivne (ehk päritav) osa kogu fenotüübilisest varieeruvusest
Mõõdab seda kui suur osa tunnuse VARIEERUVUSEST vanempopulatsioonis on selline, mis pärandub edasi.
• Sordiaretuses
• Sugulastevahelise korrelatsiooni mõõtmine
• Looduslikule (või kunstlikule) valikule reageerimise mõõtmine
Päritavuse määramine
järg
last
e n
oka s
uu
rus
mm
vanemate noka keskmine suurus mm
Noka suuruse päritavust väljendab vanemate ja järglaste regressioonikordaja, b(vanemad-järglased).
Kui sirge tõus on 0.79, siis 79% vanemate varieeruvusest on päritav.
Tunnuse päritavust mõõdab vanemate - järglaste regressioonanalüüs
lävendiga valik vanemate fenotüübile
S – valitud vanemate keskmine kõrvalekalle populatsiooni keskmisest
R – vastus, järglaspõlvkonna keskmise erinevus vanempõlvkonna keskmisest
R = b*S võiR = h2*S
(Kunstlikule) valikule reageerimise mõõtmine – kui palju muutub tunnuse keskmine väärtus ühe põlvkonnavahetusega
S
R
keskmine 1. põlvk-s
keskmine 2. põlvk-s
G. fortis järglaskond, kes sündis 1978 oli keskmiselt 4% suurem kui eelmine põlvkond, s.t. R = 4%.
Noka suuruse päritavus oli h2 = 0,80
S = R/h2 = 4%/0.8 = 5%
Tume-maasirgu vastus põuale
Valiku toime tume-maasirgu populatsioonile
põud: Suurematel lindudel eelis
vihm: El Niño. Väikestel lindudel eelis
tavapärane kliima: Kerge eelis suurtel
-0.5 S +0.5standardhälvet
Populatsioon, mille selektsiooni diferents (S=0.2) ega päritavus (h2=0.35) ei ole nullid, kuid vastus on null.
kaelus-kärbsenäpp(Ficedula albicollis)
keskmine S=0.2
Pöiapära peaks pikenema 0.022 mm aastas aga ei muutu
S R
Varieeruvuse kujunemine looduslikes populatsioonides on ebatäielikult mõistetud
Fenotüübi muutus vastuseks suunavale valikule ei pruugi olla lineaarne
G on +alleelide hulga jaotusedP on fenotüübilise tunnuse jaotused populatsioonis
•viivitus fenotüübi muutuses - kanaliseeritud vastus•hüppeline muutus fenotüübis - lävega vastus tekitab
(ajutiselt) bimodaalse tunnuse jaotuse
kanaliseeritud lävegalineaarneG G G
PPP
Kokkuvõte
Kvantitatiivne geneetika tegeleb pidevate tunnuste pärandumise uurimisega
Pidevad tunnused varieeruvad populatsioonides normaaljaotusega, sest on määratud mitmete (väga paljude) geenide ja keskkonna mõju poolt
Vanemate fenotüübiline kõrvalekalle populatsiooni keskmisest võib päranduda või mitte
Päranduvat osa kõrvalekaldest pop-i keskmisest nimetatakse aditiivseks varieeruvuseks
Aditiivse varieeruvuse osakaalu vanempopulatsiooni varieeruvusest nimetatakse päritavuseks
Koevolutsioon
Koadaptatsioon - liikide vastastikune kohastumine sõltuvalt teineteisest
Koadaptatsioone seletab kahe või enama liigi koevolutsioon.
Järgiv evolutsioon – üks liik adapteerub sõltuvalt teisest, kuid mitte vastupidi
Vastastikune kohastumine, kus liigid on teineteisele keskkonnateguriks, mis määrab valiku toime. Sipelgas ja liblikavastne
Parasiitidega nakatunud ilma sipelgateta: 42-48%koos sipelgatega: 18-23%
mutualism – vastastikku kasulik kohastumine
Röövik toidab sipelgat spetsiaalsest organist.
Sipelgas peletab röövikule letaalse parasiitse herilase
Kuidas koevolutsiooni ära tunda?
Koevolutsioneeruvate taksonite fülogenees võib peegeldada teise oma.
Täpne fülogeneesi kordamine toimub endosümbiooside korral, kus sümbiont pärandub vertikaalselt.
Endosümbiontsete bakteriteta on need lehetäid viljatud.
Taimedel mürgid putukate vastu. Putukatel vaja resistentsust.
mardikad Tetraopes (siklane)
askleepiased (Asclepias)
kõrvalekalded peeglist – vead fülogen rekonstr või peremehe vahetus
Taimede ja putukate koevolutsioon võiks olla põhjuseks, miks just õistaimed ja putukad on äärmiselt mitmekesised
Ehrlich ja Raven (1964) uurisid taimi ja nendest toituvad liblikaid. Iga sugukond liblikaid toitub erineval taimeliikide rühmal. Rühmasiseselt on taimedel sarnased kemikaalid putukate vastu. Iga liblikasugukond omab resistentsust teatud looduslikele insektitsiididele.
Taim: arendab kaitse, paljuneb ja mitmekesistub
Putukas: arendab resistentsuse paljuneb ja mitmekesistub (järgiv evolutsioon?)
- lõputu võidurelvastumine
Taimedel vajalik spetsialiseeruda, sest ainult tagatakse, et õietolm jõuab liigikaaslaseni.
Ainult teatud tüüpi putukad saavad nektari kätte
Taimede ja putukate koevolutsioon - tolmeldamine
Putukal kasulik spetsialiseeruda, sest nii on vähem toidukonkurentsi
- lõputu spetsialiseerumine
Test: kas putuktolmlemine on olnud evolutsiooniliselt kasulik?
•fossiilide analüüs vastust ei anna
•fülogeneetiliste kontrastide meetod võrdleb sõsarklaade
Kofülogeneesi võib lisaks koevolutsioonile põhjustada ka vikaarne sündmus
• koevolutsioon • järgiv evolutsioon
• vikaarsed sündmused viivad fülogeneesipuude sarnasuseni allopatriliste liigiteketega; evol. seosed puuduvad
Koevolutsioon ei pruugi viia kofülogeneesile
Taimede kasutatavad mürgid putukate vastu ei pruugi peegeldada taimede fülogeneetilisi suhteid. Kui putukaliigid tekivad koos resistentsuse tekkega, siis peegeldab nende fülogenees putukamürkide biokeemilist sarnasust, mitte taimede sugupuud.
Difuusne või hajus koevolutsioon kirjeldab
kõiki korraga aset leidvaid koevolutsioonilisi
suhteid, sest looduses toimub kohastumine
vastuseks mitmetele mutualistidele,
konkurentidele, parasiitidele.
Parasiidi-peremehe koevolutsioon
•sagedusest sõltuv tsükliline konkurents parasiitide vahel seni
kuni mõnel tekib uus mutatsioon
•tänu uutele juhuslikele mutatsioonidele progresseerub lõputu
antagonistlik koevolutsioon peremehe ja parasiidi vahel
virulentsus - nakatatud peremehe kohasuse langus võrreldes
nakatamata peremehe kohasusega
Küülikud Austraalias ja Euroopas(Oryctolagus cuniculus)
1950-ndatel prooviti nende arvukust piirata Lõuna-Ameerikast pärit müksomatoosi põhjustava viirusega.
-> Katseliselt näidati ajalisi muutusi mõlemal – •küülikute resistentsuse teket•viiruse virulentsuse kahanemist ajas
Kuidas saab virulentsus langeda?
Virulentsuse – resistentsuse koevolutsioon
Looduslik valik eelistab neid parasiite, kes paljunevad kiiremini ja seega söövad peremeest kiiremini.
Parasiidi virulentsust kasvatab• võime nakatada sama peremeest mitu korda
Sellisel juhul on samas peremehes koos mitu parasiidi tüve, kes omavahel konkureerivad.
Korduvnakatumine kasvatab virulentsust ka sama peremehe piires.
Ühekordne nakatamine alandab virulentsust. Sugulastevaheline konkurents on kahjulik.
Virulentsus sõltub ka parasiidi ülekandeviisist: horisontaalnevertikaalne.Sageli esinevad vertikaalne ülekanne ja ühekordne nakatamine koos - lõivsuhe peremehe kohasuse ja virulentsuse vahel
Virulentsuse languse seletus, et parasiidil pole kasulik peremeest kohe tappa, eeldab hõimuvalikut parasiitidel
Nakatatud herilase kohasus
% õisikuid, kus muneb ainult 1 emane
Vaktsineerimine mõjutab parasiitide virulentsuse evolutsiooni
•pidurdab parasiidi kasvu – selekteerib virulentsuse kasvu; optimaalse virulentsuse saavutamiseks nüüd vajalik kiirem kasv
•vähendab nakatumise tõenäosust - selekteerib virulentsuse kahanemist
Evolutsiooniline võidurelvastumine
Kas koevolutsioon tõukab evolutsiooni tagant?
Kuidas seda tuvastada?
Kaks alternatiivi:
Eskalatsiooni korral muutub elukeskkond aina ohtlikumaks. Kiskjad on aina tapvamad ja saakloomad aina paremini kaitstud. Kokkuvõttes ei parane kummagi kohasus, sest toimib pidev valiku surve teiselt poolt ja tulemuseks igavene võidurelvastumine.(Kui hilisemad röövloomad viia ajas tagasi oleksid nad üliedukad)
Progresseeruva evolutsiooni korral loomad kohastuvad järjest paremini oma keskkonnaga ja kohasus tõuseb. Võidurelvastumist pole.
Jerison (1973): evolutsioon nii kiskjatel kui saakloomadel suhtelise ajukasvu suunas
Suhteline aju suurus – kõrvalekalle allomeetrilisest trendist.
1) Vigastatud ja paranenud välisskelettide sagedus kasvab evol. ajas ja suuremad loomad paranevad sagedamini.
2) Põhjale kinnitumata tigude sagedus langeb
3) Paksenenud või ahenenud kojaavausega tigude sagedus kasvab
Tõendeid evolutsiooni eskaleerumise kohta
3)
1)
2)
Tõendeid evolutsiooni eskaleerumise kohtaVan Valen: taksonite eluead jaotuvad log-lineaarselt
-Liigi ellujäämistõenäosus ei sõltu tema vanusest = igal ajahetkel võrdne tõenäosus välja surra - kauem aega kohastunud liik ei ole ei ole kohasem, progressi pole.
-eskalatsioon ühtlane, mitte hüplik, viitab ühtlastele ressurssidele ja seega juhuslikule väljasuremisele.“selleks, et paigal püsida, tuleb aina kiiremini joosta”
kalad roomajad imetajad
Makroevolutsiooniline trend suurenemisele
Ainuke pääs olelusvõitluses on suureneda ja keerukustuda
Miks pole kõik loomad hiiglaslikud? • arenguline lõivsuhe • suurem tõenäosus välja surra, kui ressursse napib
aeg
log-suurus
bakterid
esimesed eukarüoodid
trilobiidid
1 m
100m
kaladsaurused/imetajad
Kokkuvõte
• Koevolutsioon esineb siis, kui kaks erinevat liiki vastastikku teineteise evolutsiooni mõjutavad
• Järgiv evolutsioon - ühe liigi evolutsioon järgib teist
• Parasiit-peremees evolutsioonisuhteid mõjutavad hõimuvalik ja ülekande tüüp
• On tõendeid evolutsiooni eskaleerumisest ilma suhtelise kohasuse tõusuta – fossiilid, eluea-kõverad