Upload
bomxuan868
View
1.245
Download
3
Embed Size (px)
Citation preview
SVTH Lecirc Tuấn Dũng Sầm Minh Hải
Cao Xuacircn Baacutech Lecirc Khắc Thắng
Lecirc Tiến Hogravea
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định đa
dạng sinh học quần thể vi sinh vật
Đặt vấn đề
Vi sinh vật quanh ta Xử lyacute nƣớc thải
=gtCần phải coacute sự hiểu biết về đa dạng vi sinh vật
Nội dung
Caacutec phƣơng phaacutep
Phƣơng phaacutep enzyme giới hạn
Phƣơng phaacutep giải trigravenh tự đặc hiệu
DNA microarray
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Ứng dụng thực tiễn
Caacutec phương phaacutep
Phƣơng phaacutep truyền thống
Dựa vagraveo higravenh thaacutei nhuộm
nuocirci khuẩn lạc
Phản ứng sinh hoacutea
Thực khuẩn thể - vi khuẩn
Khaacuteng nguyecircn bề mặt
Hoạt chất khaacuteng khuẩn
Phương phaacutep kỹ thuật sinh học phacircn tử
Dựa trecircn sự khaacutec biệt về
cấu truacutec DNA kiacutech thƣớc
trigravenh tự sắp xếp
Giải trigravenh tự DNA
Phacircn tiacutech plasmid DNA
Lai DNA trecircn magraveng
DNA(đaacutenh dấu bằng
huỳnh quangphoacuteng xạ)
So saacutenh đặc điểm
Trong thực tế thƣờng kết hợp cả hai
phƣơng phaacutep
Phương phaacutep truyền
thống
Phương phaacutep kỹ thuật
sinh học phacircn tử
bullThời gian lacircu
bullThiếu chiacutenh xaacutec
bullHạn chế với caacutec vi sinh vật
gần nhau
bullĐơn giản dễ tiến hagravenh
bullKết quả nhanh
bullChiacutenh xaacutec cao
bullĐộ phacircn biệt lớn
bullThiết bị maacutey moacutec phức
tạp hoacutea chất đắt tiền
bullGiảm rủi ro khi tiến hagravenh
trecircn caacutec vi sinh vật độc hại
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Nguyecircn tắc
Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec
enzyme cắt giới hạn
(restriction enzym-RE)
Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13
giống loagravei chủng
EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy
EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy
Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Caacutec bƣớc thực hiện
Triacutech AND
Cắt bằng caacutec enzym giới hạn
Taacutech ADN trecircn gel agarose
Southern blotting
Phacircn loại đa dạng vi sinh vật
Caacutec bƣớc
Caacutec ứng dụng
bull Xaacutec định quan hệ huyết
thống
bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh
bull Lập bản đồ gen
bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền
bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật
đatilde định danh(dựa trecircn dữ
liệu vạch điện di coacute sẵn)
hoặc nhận biết đa dạng vi
sinh vật trong mocirci trƣờng
dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec
vạch điện di
Ƣu nhƣợc điểm
bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep
xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute
mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave
cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều
loagravei vi khuẩn
bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện
kết quả tại chỗ
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Đặt vấn đề
Vi sinh vật quanh ta Xử lyacute nƣớc thải
=gtCần phải coacute sự hiểu biết về đa dạng vi sinh vật
Nội dung
Caacutec phƣơng phaacutep
Phƣơng phaacutep enzyme giới hạn
Phƣơng phaacutep giải trigravenh tự đặc hiệu
DNA microarray
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Ứng dụng thực tiễn
Caacutec phương phaacutep
Phƣơng phaacutep truyền thống
Dựa vagraveo higravenh thaacutei nhuộm
nuocirci khuẩn lạc
Phản ứng sinh hoacutea
Thực khuẩn thể - vi khuẩn
Khaacuteng nguyecircn bề mặt
Hoạt chất khaacuteng khuẩn
Phương phaacutep kỹ thuật sinh học phacircn tử
Dựa trecircn sự khaacutec biệt về
cấu truacutec DNA kiacutech thƣớc
trigravenh tự sắp xếp
Giải trigravenh tự DNA
Phacircn tiacutech plasmid DNA
Lai DNA trecircn magraveng
DNA(đaacutenh dấu bằng
huỳnh quangphoacuteng xạ)
So saacutenh đặc điểm
Trong thực tế thƣờng kết hợp cả hai
phƣơng phaacutep
Phương phaacutep truyền
thống
Phương phaacutep kỹ thuật
sinh học phacircn tử
bullThời gian lacircu
bullThiếu chiacutenh xaacutec
bullHạn chế với caacutec vi sinh vật
gần nhau
bullĐơn giản dễ tiến hagravenh
bullKết quả nhanh
bullChiacutenh xaacutec cao
bullĐộ phacircn biệt lớn
bullThiết bị maacutey moacutec phức
tạp hoacutea chất đắt tiền
bullGiảm rủi ro khi tiến hagravenh
trecircn caacutec vi sinh vật độc hại
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Nguyecircn tắc
Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec
enzyme cắt giới hạn
(restriction enzym-RE)
Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13
giống loagravei chủng
EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy
EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy
Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Caacutec bƣớc thực hiện
Triacutech AND
Cắt bằng caacutec enzym giới hạn
Taacutech ADN trecircn gel agarose
Southern blotting
Phacircn loại đa dạng vi sinh vật
Caacutec bƣớc
Caacutec ứng dụng
bull Xaacutec định quan hệ huyết
thống
bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh
bull Lập bản đồ gen
bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền
bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật
đatilde định danh(dựa trecircn dữ
liệu vạch điện di coacute sẵn)
hoặc nhận biết đa dạng vi
sinh vật trong mocirci trƣờng
dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec
vạch điện di
Ƣu nhƣợc điểm
bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep
xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute
mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave
cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều
loagravei vi khuẩn
bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện
kết quả tại chỗ
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Nội dung
Caacutec phƣơng phaacutep
Phƣơng phaacutep enzyme giới hạn
Phƣơng phaacutep giải trigravenh tự đặc hiệu
DNA microarray
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Ứng dụng thực tiễn
Caacutec phương phaacutep
Phƣơng phaacutep truyền thống
Dựa vagraveo higravenh thaacutei nhuộm
nuocirci khuẩn lạc
Phản ứng sinh hoacutea
Thực khuẩn thể - vi khuẩn
Khaacuteng nguyecircn bề mặt
Hoạt chất khaacuteng khuẩn
Phương phaacutep kỹ thuật sinh học phacircn tử
Dựa trecircn sự khaacutec biệt về
cấu truacutec DNA kiacutech thƣớc
trigravenh tự sắp xếp
Giải trigravenh tự DNA
Phacircn tiacutech plasmid DNA
Lai DNA trecircn magraveng
DNA(đaacutenh dấu bằng
huỳnh quangphoacuteng xạ)
So saacutenh đặc điểm
Trong thực tế thƣờng kết hợp cả hai
phƣơng phaacutep
Phương phaacutep truyền
thống
Phương phaacutep kỹ thuật
sinh học phacircn tử
bullThời gian lacircu
bullThiếu chiacutenh xaacutec
bullHạn chế với caacutec vi sinh vật
gần nhau
bullĐơn giản dễ tiến hagravenh
bullKết quả nhanh
bullChiacutenh xaacutec cao
bullĐộ phacircn biệt lớn
bullThiết bị maacutey moacutec phức
tạp hoacutea chất đắt tiền
bullGiảm rủi ro khi tiến hagravenh
trecircn caacutec vi sinh vật độc hại
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Nguyecircn tắc
Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec
enzyme cắt giới hạn
(restriction enzym-RE)
Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13
giống loagravei chủng
EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy
EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy
Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Caacutec bƣớc thực hiện
Triacutech AND
Cắt bằng caacutec enzym giới hạn
Taacutech ADN trecircn gel agarose
Southern blotting
Phacircn loại đa dạng vi sinh vật
Caacutec bƣớc
Caacutec ứng dụng
bull Xaacutec định quan hệ huyết
thống
bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh
bull Lập bản đồ gen
bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền
bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật
đatilde định danh(dựa trecircn dữ
liệu vạch điện di coacute sẵn)
hoặc nhận biết đa dạng vi
sinh vật trong mocirci trƣờng
dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec
vạch điện di
Ƣu nhƣợc điểm
bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep
xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute
mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave
cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều
loagravei vi khuẩn
bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện
kết quả tại chỗ
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Caacutec phương phaacutep
Phƣơng phaacutep truyền thống
Dựa vagraveo higravenh thaacutei nhuộm
nuocirci khuẩn lạc
Phản ứng sinh hoacutea
Thực khuẩn thể - vi khuẩn
Khaacuteng nguyecircn bề mặt
Hoạt chất khaacuteng khuẩn
Phương phaacutep kỹ thuật sinh học phacircn tử
Dựa trecircn sự khaacutec biệt về
cấu truacutec DNA kiacutech thƣớc
trigravenh tự sắp xếp
Giải trigravenh tự DNA
Phacircn tiacutech plasmid DNA
Lai DNA trecircn magraveng
DNA(đaacutenh dấu bằng
huỳnh quangphoacuteng xạ)
So saacutenh đặc điểm
Trong thực tế thƣờng kết hợp cả hai
phƣơng phaacutep
Phương phaacutep truyền
thống
Phương phaacutep kỹ thuật
sinh học phacircn tử
bullThời gian lacircu
bullThiếu chiacutenh xaacutec
bullHạn chế với caacutec vi sinh vật
gần nhau
bullĐơn giản dễ tiến hagravenh
bullKết quả nhanh
bullChiacutenh xaacutec cao
bullĐộ phacircn biệt lớn
bullThiết bị maacutey moacutec phức
tạp hoacutea chất đắt tiền
bullGiảm rủi ro khi tiến hagravenh
trecircn caacutec vi sinh vật độc hại
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Nguyecircn tắc
Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec
enzyme cắt giới hạn
(restriction enzym-RE)
Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13
giống loagravei chủng
EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy
EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy
Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Caacutec bƣớc thực hiện
Triacutech AND
Cắt bằng caacutec enzym giới hạn
Taacutech ADN trecircn gel agarose
Southern blotting
Phacircn loại đa dạng vi sinh vật
Caacutec bƣớc
Caacutec ứng dụng
bull Xaacutec định quan hệ huyết
thống
bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh
bull Lập bản đồ gen
bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền
bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật
đatilde định danh(dựa trecircn dữ
liệu vạch điện di coacute sẵn)
hoặc nhận biết đa dạng vi
sinh vật trong mocirci trƣờng
dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec
vạch điện di
Ƣu nhƣợc điểm
bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep
xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute
mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave
cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều
loagravei vi khuẩn
bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện
kết quả tại chỗ
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Phương phaacutep kỹ thuật sinh học phacircn tử
Dựa trecircn sự khaacutec biệt về
cấu truacutec DNA kiacutech thƣớc
trigravenh tự sắp xếp
Giải trigravenh tự DNA
Phacircn tiacutech plasmid DNA
Lai DNA trecircn magraveng
DNA(đaacutenh dấu bằng
huỳnh quangphoacuteng xạ)
So saacutenh đặc điểm
Trong thực tế thƣờng kết hợp cả hai
phƣơng phaacutep
Phương phaacutep truyền
thống
Phương phaacutep kỹ thuật
sinh học phacircn tử
bullThời gian lacircu
bullThiếu chiacutenh xaacutec
bullHạn chế với caacutec vi sinh vật
gần nhau
bullĐơn giản dễ tiến hagravenh
bullKết quả nhanh
bullChiacutenh xaacutec cao
bullĐộ phacircn biệt lớn
bullThiết bị maacutey moacutec phức
tạp hoacutea chất đắt tiền
bullGiảm rủi ro khi tiến hagravenh
trecircn caacutec vi sinh vật độc hại
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Nguyecircn tắc
Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec
enzyme cắt giới hạn
(restriction enzym-RE)
Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13
giống loagravei chủng
EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy
EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy
Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Caacutec bƣớc thực hiện
Triacutech AND
Cắt bằng caacutec enzym giới hạn
Taacutech ADN trecircn gel agarose
Southern blotting
Phacircn loại đa dạng vi sinh vật
Caacutec bƣớc
Caacutec ứng dụng
bull Xaacutec định quan hệ huyết
thống
bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh
bull Lập bản đồ gen
bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền
bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật
đatilde định danh(dựa trecircn dữ
liệu vạch điện di coacute sẵn)
hoặc nhận biết đa dạng vi
sinh vật trong mocirci trƣờng
dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec
vạch điện di
Ƣu nhƣợc điểm
bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep
xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute
mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave
cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều
loagravei vi khuẩn
bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện
kết quả tại chỗ
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
So saacutenh đặc điểm
Trong thực tế thƣờng kết hợp cả hai
phƣơng phaacutep
Phương phaacutep truyền
thống
Phương phaacutep kỹ thuật
sinh học phacircn tử
bullThời gian lacircu
bullThiếu chiacutenh xaacutec
bullHạn chế với caacutec vi sinh vật
gần nhau
bullĐơn giản dễ tiến hagravenh
bullKết quả nhanh
bullChiacutenh xaacutec cao
bullĐộ phacircn biệt lớn
bullThiết bị maacutey moacutec phức
tạp hoacutea chất đắt tiền
bullGiảm rủi ro khi tiến hagravenh
trecircn caacutec vi sinh vật độc hại
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Nguyecircn tắc
Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec
enzyme cắt giới hạn
(restriction enzym-RE)
Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13
giống loagravei chủng
EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy
EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy
Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Caacutec bƣớc thực hiện
Triacutech AND
Cắt bằng caacutec enzym giới hạn
Taacutech ADN trecircn gel agarose
Southern blotting
Phacircn loại đa dạng vi sinh vật
Caacutec bƣớc
Caacutec ứng dụng
bull Xaacutec định quan hệ huyết
thống
bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh
bull Lập bản đồ gen
bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền
bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật
đatilde định danh(dựa trecircn dữ
liệu vạch điện di coacute sẵn)
hoặc nhận biết đa dạng vi
sinh vật trong mocirci trƣờng
dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec
vạch điện di
Ƣu nhƣợc điểm
bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep
xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute
mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave
cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều
loagravei vi khuẩn
bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện
kết quả tại chỗ
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Nguyecircn tắc
Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec
enzyme cắt giới hạn
(restriction enzym-RE)
Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13
giống loagravei chủng
EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy
EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy
Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Caacutec bƣớc thực hiện
Triacutech AND
Cắt bằng caacutec enzym giới hạn
Taacutech ADN trecircn gel agarose
Southern blotting
Phacircn loại đa dạng vi sinh vật
Caacutec bƣớc
Caacutec ứng dụng
bull Xaacutec định quan hệ huyết
thống
bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh
bull Lập bản đồ gen
bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền
bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật
đatilde định danh(dựa trecircn dữ
liệu vạch điện di coacute sẵn)
hoặc nhận biết đa dạng vi
sinh vật trong mocirci trƣờng
dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec
vạch điện di
Ƣu nhƣợc điểm
bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep
xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute
mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave
cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều
loagravei vi khuẩn
bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện
kết quả tại chỗ
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Caacutec bƣớc thực hiện
Triacutech AND
Cắt bằng caacutec enzym giới hạn
Taacutech ADN trecircn gel agarose
Southern blotting
Phacircn loại đa dạng vi sinh vật
Caacutec bƣớc
Caacutec ứng dụng
bull Xaacutec định quan hệ huyết
thống
bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh
bull Lập bản đồ gen
bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền
bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật
đatilde định danh(dựa trecircn dữ
liệu vạch điện di coacute sẵn)
hoặc nhận biết đa dạng vi
sinh vật trong mocirci trƣờng
dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec
vạch điện di
Ƣu nhƣợc điểm
bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep
xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute
mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave
cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều
loagravei vi khuẩn
bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện
kết quả tại chỗ
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn
Caacutec bƣớc thực hiện
Triacutech AND
Cắt bằng caacutec enzym giới hạn
Taacutech ADN trecircn gel agarose
Southern blotting
Phacircn loại đa dạng vi sinh vật
Caacutec bƣớc
Caacutec ứng dụng
bull Xaacutec định quan hệ huyết
thống
bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh
bull Lập bản đồ gen
bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền
bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật
đatilde định danh(dựa trecircn dữ
liệu vạch điện di coacute sẵn)
hoặc nhận biết đa dạng vi
sinh vật trong mocirci trƣờng
dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec
vạch điện di
Ƣu nhƣợc điểm
bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep
xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute
mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave
cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều
loagravei vi khuẩn
bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện
kết quả tại chỗ
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Caacutec bƣớc
Caacutec ứng dụng
bull Xaacutec định quan hệ huyết
thống
bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh
bull Lập bản đồ gen
bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền
bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật
đatilde định danh(dựa trecircn dữ
liệu vạch điện di coacute sẵn)
hoặc nhận biết đa dạng vi
sinh vật trong mocirci trƣờng
dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec
vạch điện di
Ƣu nhƣợc điểm
bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep
xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute
mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave
cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều
loagravei vi khuẩn
bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện
kết quả tại chỗ
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Caacutec ứng dụng
bull Xaacutec định quan hệ huyết
thống
bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh
bull Lập bản đồ gen
bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền
bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật
đatilde định danh(dựa trecircn dữ
liệu vạch điện di coacute sẵn)
hoặc nhận biết đa dạng vi
sinh vật trong mocirci trƣờng
dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec
vạch điện di
Ƣu nhƣợc điểm
bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep
xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute
mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave
cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều
loagravei vi khuẩn
bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện
kết quả tại chỗ
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Ƣu nhƣợc điểm
bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep
xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute
mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave
cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều
loagravei vi khuẩn
bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện
kết quả tại chỗ
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ
bull Ứng dụng
ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn
bull Nguyecircn tắc
ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S
ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao
ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei
ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Caacutec bƣớc thực hiện
1bull Lấy mẫu
2bull Taacutech chiết DNA
3bull PRC đoạn gen 16S
4bull Điện di kết quả pcr
Caacutec bƣớc thực hiện
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Giải trigravenh tự
bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc
sau điện di
bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen
(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei
Giải trigravenh tự
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Hạn chế của phƣơng phaacutep
bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA
polymerase khocircng cao
bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế
bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban
đầu
Hạn chế của phƣơng phaacutep
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Kết quả
bull Phacircn loại xaacutec
định loagravei chiacutenh
xaacutec hơn
bull Cơ sở phaacutet triển
nghiecircn cứu về sự
tiến hoacutea của
giống loagravei
Kết quả
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
DNA Microarray
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
DNA Microarray lagrave gigrave
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Kỹ Thuật DNA array
Chuẩn
bịđiacutec
h
Chuẩn
bịm
ảng
Mẫu
Taacutech DNA
Đaacutenh dấu
Cơ sở dữ liệu trigravenh tự
Thiết kế tập hợp mẫu dograve
In lecircn mảng
Tiến hagravenh lai
Xaacutec định tiacuten hiệu lai
Giải thiacutech dữ liệuXaacutec
định
VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi
khuẩn
Xaacutec nhận lại mẫu dograve
đatilde thiết kế tiecircn
đoaacuten in silico
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
bull Về kỹ thuật
ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu
ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng
bull Về vấn đề phacircn tiacutech
ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute
ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi
sinh vật
Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA
microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA
microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng
bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu
ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV
ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể
tự động hoacutea
ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt
tiacutenh VSV
ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh
VSV
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử
bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng
bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử
bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh
DNA - RNA
bull Tm
bull Hạ từ từ to + điều kiện
thiacutech hợp -gt Bắt cặp
bull u tuyệt đối
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Yếu tố ảnh hƣởng
bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng
bull Nhiệt độ
bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự
bull Lực ion
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Caacutec phƣơng phaacutep lai
Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Lai tại chỗ (in situ) FISH
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định
sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong
ao nuocirci tocircm
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Lấy mẫu
Đặc điểm ao
Lấy mẫu bugraven
Sau lấy mẫu
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi
bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di trong agarose gel 15
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)
bull Điện di agarose gel 15
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật
Real-time PCR
Qui trigravenh PCR
bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849
bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Qui trigravenh RT-PCR
bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng
phaacutep Real-time PCR
Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR
Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ
thuật DGGE
Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R
Chu trigravenh nhiệt cho PCR
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong
bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm
Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011
Tagravei liệu tham khảo
bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng
ĐHBKHN
bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng
dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH
Genetic variation in the association of air pollutants with
a biomarker of vascular injury in children and
adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390
bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction
enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients
suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]
bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011