analize genetice.pdf

ANALIZE GENETICEMOARTE SUBIT:

Proces-precis, rapid,o dat n via

Sindromul morii subite

Sindromul morii subite (The Sudden Death Syndrome) - SDS

Const ntr-un set de cauze diferite de apariie a stopuluicardiac care se produce ntr-un interval de o or de laprimul simptom, la persoanele care anterior au avut osntate normal.

Aceste evenimente sunt definite ca netraumatice,neviolente i neateptate.

SDS - Epidemiologie

Anual, n lume, s-au nregistrat mai mult de 3 milioane de decese*Mortalitatea este mai mare dect n cazurile de SIDA sau de cancer la plmni i sn.

Incidena pentru vrste 35 ani este de aproximativ 1/1.000 pe an.

Incidena pentru varste

SDS - Principalele cauze ale stopului cardiac

A fost demonstrat baza genetic n urmtoarele sindromuri i patologii, iar genele implicate sunt cunoscute.

Anormaliti structurale cardiace

Anormalitai

arteriale

Cardiomiopatia hipertrofic

Cardiomiopatia dilatativ

Aritmie ventricular

Sindroame

aritmogenice

Sindromul Brugada

Sindromul QT lung

Sindromul QT scurt

Anevrism aortic toracic

Defecte

serotonergice Moarte subit la copii- (SIDS)

Alte sindroame

asociate

Sindrom Marfan

Sndrom Fabry

Sindrom Wolf-Parkinson-White

Aritmia sinusurilor cardiace

Tahicardia ventricular polimorf

Ventricul stng non- compact

Sindromul Morii Subite (SDS)& Genetic

SDS - Genetica

Incidena apariiei bolilor cardiovasculare este de 2,2 ori mai mare la indivizii la care mama sau tatl au avut evenimente cardiovasculare.

Incidena apariiei bolilor cardiovasculare este de 9 ori mai mare cnd ambele ramuri ale familiei au avut episoade cardiovasculare.

X. Jouven, M. Desnos, C. Guerot, P. Ducimetire. Predicting sudden death in the population: the Paris Prospective Study I. Circulation 1999.

SDS Consens n testare genetic(Asociaia American a Sntii)- AHA

(Heart Rhythm 2011; 8:1308 1339)

Ghidurile AHA (Ameican Health Association)

Testarea genetic poate completa n mod unic evaluarea clinic standard.

Genetica poate oferi:

un diagnostic de extrem precizie (testarea genetic)

identificarea preclinic a membrilor din familiile cu risc (testareapredictiv)

La testarea n scopul diagnosticului, identificarea unei mutaii esteputernic legat de apariia bolii la un individ i confirm diagnosticulclinic; de asemenea, ajut la definirea substratului genetic al familiei.

Boala Panelul Genetic Pacieni Membri de familie

Long QT Syndrome (LQTS) KCNQ1, KCNH2, SCN5A Este recomandat Este recomandat

Catecholaminergic

Polymorphic Ventricular

Tachycardia (CPVT)

RYR2, CASQ2 Este recomandat

Este recomandat

Brugada Syndrome (BrS) SCN5A Poate fi utilEste recomandat

Short QT Syndrome (SQTS) KCNH2, KCNQ1, KCNJ2 Poate fi luat in considerare Este recomandat

Hypertrophic Cardiomyopathy

(HCM)

MYH7, MYBPC3,TNNT2, TNNI3,

TPM1Este recomandat Este recomandat

Arrythmogenic right

ventricular cardiomyopathy

(ARVC)

DSC2, DSG2, DSP, PKP2,

TMEM43, JUPPoate fi util

Este recomandat

Dilated cardiomyopathy (DCM) LMNA, SCN5AEste recomandat

Este recomandat

Left Ventricular

noncompactation (LVnC)

MYH7, ACTC1, TNNT2, MYBPC3,

LBD3Poate fi util

Este recomandat

Restrictive cardiomyopathy

(RCM)

MYH7, ACTC1, TNNT2, TNNI3, Poate fi luat in considerare

Este recomandat

Sudden Death Survival Clinically guided Este recomandat

Este recomandat

Forensic Analysis in a Sudden

Death CaseRYR2, KCNQ1, KCNH2, SCN5A Este recomandat

Este recomandat

Declaraia de consens a experilor

SDS Utilitatea diagnosticului genetic

1. Confirm diagnosticul clinic

2. Confirm prognosticul sau riscul

3. Msuri terapeutice/ Preventive

4. Consiliere genetic a familiei

Identificarea purttorilor asimptomatici

Identificarea membrilor de familie fr mutaii

SudD inCode Definiii

Call Rate: procentajul de baze azotate din componencorect citit la o acoperire dat (coverage)

Coverage: numrul de citiri pentru o baz azotatfacut de masina de secveniere (10x, 20x, 30x ...)

Call: citiri care dau acelai rezultat (A-T-C-G): 29 sau 30 la 30 de citiri.

No Call: citire a bazelor care dau acelai rezultat de 28 de ori sau mai putin la 30 de citiri

Secventiere Next Generation (Next Generation Sequencing) - NGS

Capacitatea de a analiza toate mutaiile genetice de interes ntr-un singur proces

Metoda Sanger (Gold Standard) analizeaz gencu gen

Mai rapid i mai ieftin dect tehnica Sanger

nalt specificitate i sensibilitate

Serviciul de analiz genetic InCode

Call rate: 100% = [NGS 99,8% (30X) + Sanger (2X)]

100% specificitate i sensibilitate

Analizeaz secvenierea genelor n proporie de 100%

Mutaiile constatate sunt confirmate prin Sanger

SudD inCode - Paneluri

SudD inCode este oferit ca un panel NGS global sau ca 4 paneluri diferite, n acord cu datele clinice:

SudD inCode Selecia genelor

Sunt selectate 55 gene:

Genele recomandate n ghiduri i n consens

(35 gene)

Gene mai putin frecvente, dar a cror cauzalitate a fost demonstrat

Gene care determin apariia unor subtipuri fenotipale

(Alte 20 gene)

ntotdeauna validarea este fcut de echipa de experi InCode, printr-un proces complex i complet.

Suspiciune clinic : Soluia SudD inCode recomandatDiagnostic nedefinit

Sincope inexplicabile

Moarte subit inexplicabil

Suspiciune de moarte subit mostenit

Fibrilaie Ventricular Idiopatic (IVF)

Stop cardiac indus medicamentos

SudD Global (55 gene)

Boli aritmogenice

(Daca avei dubii n diagnostic,este recomandat panelul SudD Arrhythmogenic)

Sindrom QT Lung(LQTS) Recomandat:

SudD Arrhythmogenic (25 gene)

Sindrom Brugada (BrS)

Recomandat:


Alternativ:

SCN5A

Sindrom QT scurt (SQTS) KCNH2, KCNQ1, KCNJ2

Sick Sinus Syndrome

Bradicardie inexplicabila HCN4

Tahicardie polimorfic ventricular catecolaminergic (CPVT)

Aritmii n timpul exerciiilor fizice

Recommended:


Alternative:

RYR2, CASQ2

Progressive Cardiac Conduction Defect SCN5A, LMNA

SudD Global (55 genes; ACTC1, ACTN2, ANK2, CACNA1C, CACNB2, CASQ2, CAV3, CRYAB, CSRP3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, EMD, FBN1, GLA, GPD1L, HCN4, JPH2, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, LAMP2, LDB3, LMNA, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYOZ2, PDLIM3, PKP2, PLN, PRKAG2, RYR2, SCN4B, SCN5A, SGCA, SGCB, SGCD, TAZ, TCAP, TGFB3, TGFBR2, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, VCL)

SudD Arrhythmogenic (25 genes; ANK2, CACNA1C, CACNB2, CASQ2, CAV3, DES, DSC2, DSG2, DSP, GPD1L, HCN4, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, LMNA, PKP2, PRKAG2, RYR2, SCN4B, SCN5A, TGFB3, TTN)

Suspiciune clinic: Solutia SudD inCode recomandatBoli structurale

Arrhythmogenic Right Ventricular Cardiomyopathy (ARVC) Recomandat


Hypertrophic cardiomyopathy (HCM)

Unexplained Cardiac Hypertrophy (UCH)

Recomandat:


Alternativ:

SudD Structural (42 gene)

SudD HCM (25 gene)

Dilated cardiomyopathy (DCM)

Non-compacted cardiomyopathy (adult and neonatal)

Restrictive Cardiomyopathy

Recommended:

SudD Global (55 genes)

Alternative:

SudD Structural (42 genes)

SudD DCM (35 genes)

Alte sindroame asociate:

Marfan Syndrome (MS) FBN1, TGFBR1, TGFBR2 Fabrys Disease (FD) GLA Familial Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections (TAAD) ACTA2, FBN1, TGFBR1, TGFBR2, MYH11 Amyloidosis TTR Glycogen storage disease LAMP2, PRKAG2 Wolff-Parkinson White Syndrome PRKAG2

SudD Global (55 genes; ACTC1, ACTN2, ANK2, CACNA1C, CACNB2, CASQ2, CAV3, CRYAB, CSRP3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, EMD, FBN1, GLA, GPD1L, HCN4, JPH2, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, LAMP2, LDB3, LMNA, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYOZ2, PDLIM3, PKP2, PLN, PRKAG2, RYR2, SCN4B, SCN5A, SGCA, SGCB, SGCD, TAZ, TCAP, TGFB3, TGFBR2, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, VCL)

SudD Structural (42 genes; ACTC1, ACTN2, CASQ2, CAV3, CRYAB, CSRP3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, EMD, GLA, JPH2, JUP, LAMP2, LDB3, LMNA, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYOZ2, PDLIM3, PLN, PKP2, PRKAG2, RYR2, SCN5A, SGCA, SGCB, SGCD, TAZ, TCAP, TGFB3, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, VCL)

SudD HCM (25 genes; ACTC1, ACTN2, CAV3, CSRP3, GLA, JPH2, LAMP2, LDB3, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYOZ2, PDLIM3, PLN, PRKAG2, RYR2, TCAP, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, VCL)

SudD DCM (35 genes; ACTC1, ACTN2, CASQ2, CAV3, CRYAB, CSRP3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, EMD, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, LAMP2, LDB3, LMNA, MYBPC3, MYH6, MYH7, PKP2, PLN, SCN5A, SGCD, TAZ, TCAP, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, VCL)

SudDinCode De unde se ncepe?

30% dintre pacieni au cel puin 2-3 mutaii

Se explic gradele diferite ale patologiilor

Pentru cazurile de probe cu Sanger negativ

Oportunitatea de a demonstra superioritatea NGSO

Patologiile aritmogenice

Mai dificil de identificat prin metodele clinice

SudD inCode Specificaii tehnice

Serviciul NGS secveniere de pn la 55 gene implicate n Sindromul morii subite.

Metoda de top, prin citirea de cel puin 30 de ori a fiecarei baze azotate.

Rezultatele patologice sunt de doua ori verificate ulterior prin metoda Sanger (FDA gold standard).

Acoperirea - 100% a ratei de inserie i deleie.

SudD inCode Specificaii tehnice

Parametrii Valori (%)

Call rate (coverage 30x) 99,8%

Sensibilitatea diagnosticului (n comparaie cu gold standard, la mai mult de 50 de mutaii prezente)) 100%

Specificitatea(la mai mult de 30.000 de pozitii comparate)) 100%

Repetabilitatea(5 probe per duplicat)) 99,83%

Reproductibilitatea(10 comparaii diferite) 99,80%

Sensibilitatea diagnosticului (>50 mutaii)

100%100% ins./del.

Valoarea adaugat de SudD inCode NGS

Detecia mutaiilor rare, a mutaiilor multiple, a inseriilor i deleiilor.

Utilizarea unui algoritm bioinformatic simplu, puternic i eficient.

Orientarea clinic a rezultatelor este dezvoltat de Institutul Brugada.

Comitetul tiinific &

Raportarea rezultatelor

Comitetul tiinific

Pedro Brugada, MD, PhD Josep Brugada, MD, PhD Ramon Brugada, MD, PhDHeart Rhythm Management Centre of the UZ Brussels, Belgium Medical Director, Hospital Clnic de Barcelona

Clinician, Clnica el Pilar Sant Jordi, Barcelona

Dean of the Medical school, Universitat de Girona

Director Centro de Genetica cardiovascular IDIBGI

Raportul clinic i genetic este scris de cardiologi celebri de la Institutul Brugada, ceea ce face ca acest serviciu s se diferenieze i este o dovad a calitii lui.

Raportul: Informaia genetic

Raportul: Evaluare & Recomandri

Raportul: Evaluarea familial & Recomandri

SudD inCode: Cel mai bun serviciu n diagnosticarea Morii subite

Call rate:

100% = [NGS 99,82% (20X) + Sanger (2X)].

Analizeaza 100% din secvena genic

Detecia variantelor rare, a mutaiilor multiple i a inseriilor i a deleiilor.

Noile teste genetice pentru Moarte Subit

1. Studiul la nivel genetic al bolilor cardiovasculare va furniza o ntelegere mai bun a nevoilor de design i optimizare a tratamentului personalizat.

2. Capacitatea tehnicilor de secveniere bazate pe metoda Sanger este limitat comparativ cu noua abordare, care este i ea n continu dezvoltare, i care permite o masiv secveniere paralelsau Secventierea Next Generation (NGS).

3. Datorit cantitii i complexitii datelor genetice rezultate ca urmare a ultrasecvenierii, care necesit analize meticuloase de identificare pentru fiecare ramur a medicinei, va fi necesarcrearea centrelor specializate care pot dezvolta activiti de cercetare pentru diferite boli, i care s administreze la scar largdatele obinute i s furnizeze consiliere genetic familiilor.

Documents

analize genetice.pdf