Upload
others
View
0
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
Molekuláris dinamika I.
10. előadás
Miről is szól a MD?
nagy részecskeszámú rendszerekismerjük a törvényeketmikroszkópikus szinten
Hogyan tudjuk megérteniHogyan tudjuk megértenia folyadékok, gázok, szilárda folyadékok, gázok, szilárdtestek makroszkópikustestek makroszkópikusviselkedését?viselkedését???
minden részecskemozgását szimuláljuk MOLEKULÁRIS DINAMIKAMOLEKULÁRIS DINAMIKA
a részecskék mozgásegyenleteit integráljuk numerikusan
ha a rendszer egyensúlyban van, a hőmérséklet, nyomás és más makroszkopikus mennyiségmeghatározható az időbeli átlagokból
ALAPOK:ALAPOK: A. Rahman, Phys. Rev. 136, A405 (1964)L. Verlet, Phys. Rev. 159, 98 (1967)
RECEPT:RECEPT:végy N pontszerű részecskét;használj klasszikus mechanikát;a pontoknak adj tömeget, pozíciót és sebességet;a pontok kölcsönhatását modellezd potenciálokkal, ezekből számolj erőket;a rendszer időbeli fejlődését megkapod a Newton egyenletek integrálásával.
Történeti áttekintés
1500-1600: L. da Vinci, Galileo Galilei
1700-1800: Euler, Bernoullimerev testek, rudakmerev testek, rudak(parciális differenciálegyenletek,kontinuum elméletek)
Kontinuum mechanikai elméletKontinuum mechanikai elmélet
1930: törések, diszlokációktörések, diszlokációk
elméletének kifejlesztése elméletének kifejlesztése
1960-1970: végeselem módszervégeselem módszer
1990: végeselem módszerek ésvégeselem módszerek és
molekuláris dinamikai molekuláris dinamikai
módszerek egyesítése módszerek egyesítése
ko
nti
nu
um
ko
nti
nu
um
XX. század: atomok felfedezéseatomok felfedezése
1950-es évek vége:Alder és Wainwright,molekuláris dinamikamolekuláris dinamika,egyszerű folyadékok egyszerű folyadékok viselkedése
1964: Rahman,folyékony argonfolyékony argon szimulációjavalószerű potenciálokkalvalószerű potenciálokkal
1960-1980: Kohn-Sham, numerikus módszereknumerikus módszerek, pl. DFT
1974: Stillinger és Rahman,valós rendszer (folyékony vízfolyékony víz)első MD szimulációja
1980: Yip1990: Abraham és társaielső repedés- és törésszimulációrepedés- és törésszimuláció
ato
mi szin
tato
mi
szin
t
biofizikai rendszerek, törések, deformációk MD szimulációja rutin feladata szimulációs technikák száma robbanásszerűen megnőtt:sajátos problémák sajátos módszerekkel,vegyes kvantummechanikai/klasszikus mechanikai szimulációkenzimreakciók és törések szimulációjára
Példák MD szimulációkra
Az intermolekuláris potenciál
az argon szimulációja:klasszikus dinamikagömb alakú atomokkémiai kölcsönhatás nincsa belső struktúrától eltekintünkpárkölcsönhatás: magok taszítása + van der Waals vonzás
U r =u r12u r
13...u r
23...=
=∑i=1
N−1
∑j=i1
N
urij
Lennard-Jones potenciálLennard-Jones potenciál
u r =[r 12
−2
r 6
]
F r =−dU r
dr=12
[r
13
−
r 7
]Lennard-Jones erőLennard-Jones erő
Mennyiségek
általában úgy választjuk, hogy ne kelljen túl nagy/kicsi számokkal dolgozniegységnek választjuk:
átalakításátalakítás:
mennyiség egység érték az Argon esetében
távolság
energia
tömeg
idő
sebesség
erő
nyomás
hőmérséklet
m
m /1 /2
/m1 /2
/
/ 2
/kB
3.4x10−10m
1.65x10−21J
6.69x10−26kg
2.17x10−12s
1.57x102m /s
4.85x10−12N
1.43x10−2Nm
−1
120K
pl. 2000 időlépés, Δt = 0.01 t = 20 = 4.34x10-11s
tipikus szimulálási idők: 1010-11-11 – 10 – 10-9-9 s .... 10 s .... 10-6-6ss
=1 ;=1 ;m=1.
Inicializáláshasznált változók:
a kezdeti konfiguráció közel kell legyen az egyensúlyi konfigurációhoz!!!a kezdeti konfiguráció közel kell legyen az egyensúlyi konfigurációhoz!!!sűrű rendszer: kezdeti helyzetek lapcentrált köbös rács rácspontjaibanaz adott hőmérsékletnek megefelelő véletlenszerű sebességek
első verzióban egyszerű köbös rácsra inicializáljuk az atomokat:
Newtoni mozgásegyenletek
erők számítása:
Fi j=−F ji=12ri−r j[1r −14
−1r −8
]Fi=∑
j=1
j≠i
N
Fi j
az i. atom mozgásegyenlete:
ait ≡d vit
dt=d
2ri t
dt2
=Fim
i=1,... , N
EZT A RENDSZERT KELL INTEGRÁLNI!!!EZT A RENDSZERT KELL INTEGRÁLNI!!!
Newtoni mozgásegyenletek
Verlet integrálási algoritmusoksebesség Verlet algoritmus:
ri tdt =rit vit dt1
2ai t dt
2
vitdt =vit 1
2[ ai tdt ai t ]dt
a feladattól függően más integrálási algoritmusok is alkalmazhatók (lásd 3. és 9. előadás)a feladattól függően más integrálási algoritmusok is alkalmazhatók (lásd 3. és 9. előadás)
Egyszerű makroszkopikus mennyiségek mérése
általános szabály:
⟨A⟩=1
NT
∑k=1
N T
Ak dt
potenciális energia
mozgási energia
teljes energia
⟨V r1, r2, ... , rN ⟩=⟨V ⟩
⟨ 1
2∑i
mi vi2⟩=⟨K ⟩
⟨E ⟩=⟨K ⟩⟨V ⟩=E=állandó
HŐMÉRSÉKLET:HŐMÉRSÉKLET: Boltzmann ekvipartíciós tétele alapján a pillanatnyi hőmérséklet
3N−11
2k BT=⟨ m2 ∑i=1
N
v2
2⟩
A szimuláció
HIÁNYOSSÁGOK:HIÁNYOSSÁGOK:
a térfogat nem állandó határfeltételek alkalmazása
a kezdeti pozíciókat és sebességeket jobban meg kell választaniLCK rács használata + Maxwell-Boltzmann eloszlás a sebességekre
a rendszert kell hagyni, hogy termális egyensúlyba kerüljön az adott hőmérsékleten
makroszkopikus mennyiségek átlagának mérése
2-es verzió
kezdeti pozíciók és sebességek inicializálásaperiodikus határfeltételek alkalmazásaminimum kép elve
paraméterek:
inicializálás:
Kezdeti pozíciók
(0,0,0), (0.5,0.5,0),(0.5,0,0.5), (0,0.5,0.5)
lapcentrált köbös rácsra helyezzük az atomokat
Kezdeti sebességekMaxwell-Boltzmann eloszlásMaxwell-Boltzmann eloszlás
Box-Müller algoritmus
Mozgásegyenletek integrálásaperiodikus határfeltételekperiodikus határfeltételek
minimális kép konvencióminimális kép konvenció
HA | xij | > L/2 :
HA xij < 0 : x
ij=x
ij+L
KÜLÖNBEN: xij=x
ij-L
...
Mozgásegyenletek integrálása
Sebesség Verlet algoritmus
A szimuláció
A nyomás meghatározása
tekintünk egy képzeletbeli egységnyi felületet a rendszerben:a nyomás a felületre ható normális irányú erő nagyságához köthetőa felületen egységnyi idő alatt “áthaladó” impulzushoz köthető
viriál egyenlet alapján:viriál egyenlet alapján:
p t =N kBT t
V
1
DV∑i=1
N
∑ji
rij Fij
a részecskék mozgásábóla részecskék mozgásából
származó járulékszármazó járulékaz ideális gáztól jól ismert összefüggés
a felület különböző oldalán lévőa felület különböző oldalán lévő
részecskék között ható erők járulékarészecskék között ható erők járuléka
MD kód optimalizálásaa legidőigényesebb rész az erők (gyorsulások) kiszámítása
L. Verlet, Phys. Rev. 159, 98 (1967)két optimalizálást javasolt:
1. a potenciál “farkának” levágása a potenciál “farkának” levágása rrvágvág
= 2.5 = 2.5 -nél -nél
2. szomszédlisták tárolása:szomszédlisták tárolása:legyen r
max > r
vág (pl. r
max = 3.2)
rögzítünk minden (ij) párt, melyre rij<r
max
a párok listáját csak minden 20-30 lépésután frissítjük
Másik lehetőség:csatolt cellák módszerecsatolt cellák módszere