ONTROLE QUALITE DES LABORATOIRES DE BACTERIOLOGIE .CONTROLE QUALITE DES LABORATOIRES DE BACTERIOLOGIE

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  • CONTROLE QUALITE DES LABORATOIRES DE BACTERIOLOGIE Juin 2015

    RESEAU DES MICROBIOLOGISTES CCLIN SUD-OUEST

  • SOMMAIRE 1. Contexte et objectifs 3 2. Mthode 3

    2.1. Slection et envoi des souches 3

    2.2. Caractristiques des souches adresses 3 2.3. Analyse des rsultats 3

    3. Rsultats et commentaires 3

    3.1. Participation 3 3.2. Rsultats pour Klebsiella pneumoniae 3 3.3. Rsultats pour Escherichia coli 6 3.4. Rsultats pour Staphylococcus aureus 8

    Conclusion 11 Liste des participants 12

    Contrle qualit BMR 2015 - 2 -

  • 1. CONTEXTE ET OBJECTIFS En 2015, un contrle qualit a t propos par le CCLIN Sud Ouest aux laboratoires participant au rseau de surveillance des bactries multirsistantes aux antibiotiques (BMR), BMR-RAISIN. Des prcdents contrles qualit avaient t organiss en 2010 et 2007. Lobjectif principal de ce contrle qualit tait dvaluer la capacit des laboratoires dtecter ou suspecter des mcanismes de rsistance aux antibiotiques pertinents dans le cadre de la surveillance des BMR. 2. METHODE

    2.1. Slection et envoi des souches Les souches bactriennes testes lors du contrle qualit ont t slectionnes par les experts du rseau des microbiologistes des CCLIN Ouest et Est. Elles ont t prpares, conditionnes et adresses fin mai 2015 par un prestataire spcialis aux laboratoires de linterrgion stant inscrits ce contrle qualit.

    2.2. Caractristiques des souches adresses Les souches bactriennes faisant lobjet du contrle qualit ont t pralablement vrifies et valides par des laboratoires experts de linter-rgion Est, Sud-Ouest et Ouest, en utilisant le rfrentiel EUCAST 2013 / ou CA-SFM 2015 V1. Il sagissait dune souche de Klebsiella pneumoniae, dune souche de Escherichia coli et dune souche de Staphyloccocus aureus dont les caractristiques sont dtailles ci-dessous. Klebsiella pneumoniae : phnotype devant tre dtect devant les rsistances aux carbapnmes :

    production dune btalactamase spectre tendu (BLSE) + modifications des porines entrainant une rsistance lertapnme.

    Escherichia coli : phnotype devant tre dtect devant les rsistances aux carbapnmes : souche productrice dune carbapnmase de type KPC-2 (-lactamase de la classe A dAmbler) ainsi que dune pnicillinase de type TEM-1.

    Staphyloccocus aureus : phnotype devant tre dtect devant la rsistance aux aminosides et lrythromycine : souche rsistante aux aminosides de type KTG + rsistance lrythromycine avec un mcanisme de type MLSB inductible. Cette souche reste sensible la pnicilline G, loxacilline, la cfoxitine et dautres antibiotiques anti-staphylococciques.

    2.3. Analyse des rsultats

    Les rsultats sont prsents pour lensemble des rponses puis, en raison des diffrences observes selon la technique utilise, les rsultats sont prsents pour deux groupes de laboratoires selon la technique utilise pour la ralisation de lantibiogramme pour les deux mthodes les plus utilises : mthode en diffusion ou utilisation de lautomate Vitek. 3. RESULTATS ET COMMENTAIRES

    3.1. Participation Pour ce contrle qualit, 52 laboratoires correspondant 103 tablissements de sant et 3 tablissements dhbergement de personnes ges dpendantes ont ralis ce contrle qualit (en comparaison, 205 tablissements de sant ont particip la surveillance BMR 2014). La liste des participants figure en annexe 1. En 2010, 88 laboratoires correspondant 116 tablissements de sant avaient ralis ce contrle qualit (sur 114 laboratoires ayant particip la surveillance BMR 2010.)

    3.2. Rsultats pour Klebsiella pneumoniae Les rsultats sont prsents successivement pour lensemble des laboratoires, toutes mthodes confondues, puis pour deux catgories de rsultats : ceux obtenus par diffusion et ceux obtenus avec lautomate Vitek.

    Contrle qualit BMR 2015 - 3 -

  • Tableau 1 : Rsultats des antibiogrammes des 52 laboratoires, toutes mthodes danalyse confondues Antibiotiques Sensible Intermdiaire Rsistant Non test % rponses conformes*

    1. Amoxicilline 0 0 51 1 98 2. Amoxicilline + Acide clavulanique 0 13 39 0 100 3. Ticarcilline 0 0 52 0 100 4. Pipracilline - tazobactam 0 0 52 0 100 5. Cfalotine 0 0 49 3 100 6. Cfoxitine 0 0 51 1 - 7. Cfotaxime 0 0 52 0 100 8. Ceftazidime 0 0 51 1 98 9. Cfpime 0 0 48 4 92 10. Aztronam 0 0 44 8 - 11. Imipnme 35 15 1 1 96 12. Ertapnme 0 1 51 0 100 13. Tobramycine 0 0 46 6 - 14. Gentamicine 0 0 51 1 98 15. Amikacine 50 2 0 0 100 16. Ciprofloxacine 1 0 50 1 96 17. Trimthoprime - sulfamthoxazole 1 3 46 2 94 * en considrant non conforme une diffrence majeure ou labsence de test dun antibiotique figurant dans la liste standard des antibiotiques tester selon le CA-SFM. Phnotypes dtects pour les bta-lactamines Parmi les 52 laboratoires :

    - 35 laboratoires, soit 67%, ont indiqu dtecter ou suspecter le mcanisme de rsistance attendu : BLSE + impermabilit ; 13 ont indiqu dtecter ou suspecter en plus une carbapnmase.

    - 39 laboratoires (75%) au total ont dtect une BLSE associe, dans 38 cas, dautres mcanismes de rsistance.

    - 23 laboratoires au total ont indiqu dtecter ou suspecter une carbapnmase, dont 16 prcisaient quils transmettraient la souche au CNR.

    Seuls deux laboratoires navaient pas dtect ou identifi de BLSE ni de carbapnmase et navaient pas indiqu transmettre la souche. Un laboratoire navait pas indiqu de mcanisme de rsistance et navait pas non plus indiqu transmettre la souche. Tableau 2 : Rsultats des antibiogrammes des laboratoires utilisant la mthode par diffusion

    Antibiotiques Rponse attendue Nombre de rponses exprimes

    Nombre de rponses

    strictement conformes

    % rponses strictement conformes

    Dtail des rponses

    autres

    1. Amoxicilline R 16 16 100 2. Amoxicilline + Acide clavulanique I 16 11 69 R = 5 3. Ticarcilline R 16 16 100 4. Pipracilline - tazobactam R 16 16 100 5. Cfalotine R 16 16 100 6. Cfoxitine R 15 15 100 7. Cfotaxime R 16 16 100 8. Ceftazidime R 15 15 100 9. Cfpime R 16 16 100 10. Aztronam R 14 14 100 11. Imipnme S 16 12 75 I =3 R=1 12. Ertapnme R 16 16 100 13. Tobramycine R 14 14 100 14. Gentamicine R 15 15 100 15. Amikacine S 16 15 94 I=6 16. Ciprofloxacine R 15 15 100 17. Trimthoprime - sulfamthoxazole R 16 16 100 S = Sensible I = Intermdiaire R = Rsistant NT = Non test

    Contrle qualit BMR 2015 - 4 -

  • Tableau 3 : Rsultats des antibiogrammes des laboratoires utilisant le Vitek

    Antibiotiques Rponse attendue Nombre de rponses exprimes

    Nombre de rponses

    strictement conformes

    % rponses strictement conformes

    Dtail des rponses

    autres

    1. Amoxicilline R 20 20 100 2. Amoxicilline + Acide clavulanique R 21 20 95 I = 1 3. Ticarcilline R 21 21 100 4. Pipracilline - tazobactam R 21 21 100 5. Cfalotine R 18 18 100 6. Cfoxitine R 21 21 100 7. Cfotaxime R 21 21 100 8. Ceftazidime R 21 21 100 9. Imipnme I 20 10 50 S=10* 10. Ertapnme R 21 20 95 I = 1 11. Gentamicine R 21 21 100 12. Amikacine S 21 21 100 13. Ciprofloxacine R 21 21 100 14. Trimthoprime - sulfamthoxazole R 19 17 89 I = 2 S = Sensible I = Intermdiaire R = Rsistant NT = Non test * A noter que cette rponse est conforme selon la mthode de rfrence par diffusion Rsultats attendus et commentaires Il sagit dune souche de Klebsiella pneumoniae productrice, outre sa pnicillinase chromosomique, dune BLSE de type CTX-M-15. Cette souche ne produit pas de carbapnmase, elle prsente toutefois, une rsistance lertapnme due une modification des porines. La sensibilit limipnme est conserve. Il est recommand, pour ce genre de souche, de confirmer la diminution de la sensibilit lertapnme par la ralisation dun E-test ou dune CMI puis de rechercher la production dune carbapnmase laide de mthodes complmentaires. Sur lantibiogramme par la mthode des disques, laddition dun disque de tmocilline permet dappliquer lalgorithme en annexe 2 des recommandations CASFM-EUCAST 2015 (Figure 1). Pour cette souche, la CMI de lertapnme par E-test est de 16 mg/L. La sensibilit limipnme est conserve. Le diamtre autour du disque de tmocilline est lgrement en dessous du seuil (14 mm). Il est donc recommand de raliser des tests complmentaires. Dautres tests peuvent tre utiliss comme un test chromognique rapide (ex. Carba NP test), la mthode des disques avec inhibiteurs (acide boronique pour classe A ; EDTA ou acide picolinique pour classe B; pas dinhibiteur pour classe D), une mthode PCR ou une dtection de lactivit carbapnmase par MALDI-TOF MS. Dans le cas prsent, ces quatre mthodes taient ngatives, permettant dcarter la prsence dune carbapnmase. En cas de positivit, la PCR permet une orientation sur le type denzyme en cause et lidentification prcise de lenzyme se fait par squenage du gne. En cas de doute ou dimpossibilit deffectuer ces analyses spcialises, la souche doit tre transmise un laboratoire expert rgional ou au CNR de la Rsistance aux Antibiotiques - laboratoire associ Carbapnmases au CHU de Bictre. Cette souche prsente galement des co-rsistances aux fluoroquinolones, aux aminosides (tout en restant sensible lamikacine) et au cotrimoxazole. Il y a eu des variations de rendu de rsultats entre le Vitek2 (carte ASTN234) et lantibiogramme disque sur lamoxicilline + acide clavulanique (I par la mthode des disques, R en Vitek2) imipnme (S par la mthode des disques et I en Vitek2). Pour cette souche, les CMI de ces antibiotiques par la mthode E-test taient respectivement 48 mg/L et 1 mg/L, ces valeurs ntant pas trs loignes des concentrations critiques. Les variations dans les rsultats obtenus peuvent tre lies des fluctuations techniques (inoculum, conservation des ractifs). Le systme expert du Vitek proposait plusieurs hypothses : BLSE + carbapnmase (metallo-ou KPC), rsistance aux carbapnmes (impermabilit).

    Contrle qualit BMR 2015 - 5 -