Download pdf - Chem Sketch

ChemSketch:Membuat Molekul di Windows

Muhamad Martoprawiro

2008

Keterangan gambar sampul:Molekul dibuat dengan ChemSketch, tapi ketika dicetak,resolusi ditingkatkan dengan bantuan program Chimera.

Keluaran ChemSketch bagus untuk di layar komputer, di web.

Daftar IsiDaftar Isi....................................................................................................................2

Memulai ChemSketch...........................................................................................1Menggambar Molekul Alanin 2 Dimensi..............................................................3Menampilkan Struktur 3-Dimensi Alanin...........................................................11Menampilkan Molekul dalam MS-Word ............................................................20Menyimpan Molekul dalam Berbagai Format....................................................27

2

Memulai ChemSketchJika ChemSketch belum terinstall di komputer Anda, silakan Anda membaca cara instalasi di dokumen lain.

Memulai ChemSketch serupa dengan cara menjalankan program-program Windows yang lain. 1. Dari Menu Windows: Start > Program > ACDLABS 11.0 >

ChemSketch

2. Klik OK ketika muncul dialog pembuka (ACD/Labs Products). Klik OK juga ketika muncul Tip of the Day. (Klik No jika muncul dialog yang Yes-nya tak dapat diklik.)

1

Menggambar Molekul Alanin 2 DimensiSelanjutnya, kita akan menggambar molekul asam amino alanin, CH3CH(NH2)COOH, yaitu

Untuk melakukannya, ikuti langkah-langkah berikut: 1. Pastikan atom C terpilih di bagian kiri layar; jika tidak, klik

atom C tersebut. 2. Pindahkan kursor ke tengah layar, lalu klik di situ. Akan

muncul molekul CH4.

3

3. Biarkan kursor di atas molekul CH4, klik 3 kali di situ, untuk membuat 3 gugus metil yang terikat pada atom C tersebut.

4

Gugus metil di kiri atas adalah gugus metil pada molekul alanin, gugus metil di kiri bawah dibiarkan saja dulu, nanti kita ubah menjadi gugus amina (-NH2), sedangkan 2 gugus

5

metil di kanan akan segera kita ubah menjadi gugus karboksilat (-COOH).

4. Untuk membuat gugus karboksilat, pindahkan kursor ke metil di sebelah kanan, lalu klik 2 kali di situ. Akan muncul 2 cabang metil yang baru, yang nantinya akan kita ubah menjadi karbonil dan hidroksil.1

5. Klik atom N di sebelah kiri layar, lalu klik gugus metil di kiri bawah molekul.

1 Perhatikan bahwa ChemSketch secara otomatis menambahkan atom H setiap kali kita menambahkan atom pada molekul kita. Jadi, pada tahap awal kita membuat kerangka atom-atom penyusun molekul (selain atom H) dengan langkah-langkah di atas. Belakangan, beberapa atom C di atas akan kita ubah menjadi atom N dan O.

6

6. Klik atom O di kiri layar, lalu klik kedua gugus metil di bagian kanan molekul.

7

7. Untuk membuat ikatan rangkap C=O, pindahkan kursor hingga tepat di atas ikatan tunggal yang hendak diubah menjadi ikatan rangkap, lalu klik di situ.

8

Akhirnya kita peroleh gambar molekul alanin dalam 2 dimensi. Selanjutnya kita akan membuat struktur 3-dimensinya.

9

8. Untuk menyimpan molekul alanin di atas, lakukan perintah dari menu ChemSketch: File > Save, lalu beri nama (misalnya: Alanin), lalu klik Save.

10

Menampilkan Struktur 3-Dimensi AlaninKita akan mengubah molekul alanin 2 dimensi di atas menjadi tampilan 3 dimensi. Jika Anda telah menutup program Chem-Sketch, jalankan kembali, lalu ambil molekul Alanin yang telah disimpan sebelumnya dengan perintah: File > Open. Selanjutnya, lakukan langkah-langkah berikut: 1. Jalankan program 3D Viewer dengan melakukan perintah

menu berikut: ACD/Labs > 1 3D Viewer (Freeware). Akan muncul program 3D Viewer dengan latar belakang layar berwarna hitam.

11

2. Kita kembali dari 3D Viewer ke ChemSketch dengan meng-klik 1-ChemSketch di kiri bawah layar (atau menekan Alt-1). Kita akan kembali melihat tampilan alanin dalam 2 dimensi.

13

3. Salin (copy) molekul alanin dari ChemSketch ke 3D Viewer dengan mengklik 2-Copy to 3D di bagian bawah layar (atau dengan menekan Alt-2). Kita akan melihat molekul alanin dalam 3D Viewer, tapi masih dalam tampilan 2 dimensi.2

4. Selanjutnya dengan menekan salah satu dari 6 tombal pada batang perkakas (Toolbar) di bagian atas layar (lihat bagian yang dilingkari pada gambar di atas), kita dapat mengubah tampilan molekul dari (mulai dari kiri): wire, stick, ball-and-stick, space-fill dan cloud. Silakan dicoba.

Bisa dilihat di halaman-halaman berikut, berbagai tampilan molekul tersebut tidaklah menunjukkan struktur 3 dimensinya, karena molekul tersebut hasil copy dari gambar 2 dimensi. Kita harus melakukan optimasi geometri dengan mekanika molekul sederhana, yang akan kita lakukan di bawah ini.

2 Tampilan molekul dalam 3D Viewer di halaman ini dan beberapa halaman berikutnya sebetulnya di atas latar belakang warna hitam, tapi untuk kejelasan dalam panduan tercetak ini, latarnya diganti putih.

14

Tampilan molekul stick

Tampilan molekul ball-and-stick

15

Tampilan molekul space-fill

Tampilan molekul cloud

16

5. Satu tombol lagi tepat di sebelah kanan dari 6 tombol di atas merupakan tombol untuk menampilkan awan elektron yang dapat dikombinasikan dengan salah satu dari ke-6 tombol di sebelah kirinya, seperti dapat dilihat pada gambar di bawah

6. Selanjutnya, lakukan optimasi geometri dengan perintah menu: Tools > 3D Optimization. Akan dihasilkan tampilan 3 dimensi, yang juga memunculkan atom-atom hidrogen.

17

7. Kita dapat mengubah tampilan menjadi ball-and-stick dengan mengklik tombol yang sesuai.

18

8. Kita dapat memutar-mutar molekul dengan menggerak-gerakkan kursor atas-bawah kiri-kanan sambil terus mengklik layar hitam.

19

Menampilkan Molekul dalam MS-Word Kita ingin agar diktat yang kita buat dapat memuat molekul dalam tampilan 3 dimensi. Berikut langkah-langkahnya: 1. Jalankan Microsoft Word, dan mulailah mengetikkan

beberapa kalimat sebelum tampilan molekul. 2. Kembali ke program 3D Viewer, putar molekul agar

tampilannya sesuai dengan yang akan dimunculkan dalam MS-Word. Salin (copy) molekul tersebut dengan perintah menu: Edit > Copy, atau tekan Ctrl-C.

20

3. Kembali ke MS-Word, lalu lakukan perintah: Edit > Paste, atau tekan Ctrl-V.

21

Ternyata latar belakang hitam turut ter-copy, yang membuat hasilnya agak mengecewakan. Kita menginginkan agar latar belakangnya putih, agar sesuai dengan latar belakang tulisan kita di MS-Word. Jadi, kita klik gambar di atas, lalu tekan Del untuk menghapusnya dari MS-Word, agar kita dapat mengulang perintah meng-copy molekul setelah latar belakangnya dibuat putih. Program 3D Viewer menyediakan perintah untuk meng-ubah warna latar belakang. 4. Jika Anda belum melakukannya, silakan klik gambar molekul

berlatar hitam pada MS-Word, lalu tekan Del. Setelah itu berpindahlah kembali ke program 3D Viewer.

5. Lakukan perintah menu di 3D Viewer: Options > Colors..., lalu di kotak dialog yang muncul, ubah warna latar belakang (background) menjadi putih, lalu klik OK.

22

6. Ulangi rangkaian perintah untuk meng-copy molekul dari 3D Viewer ke MS-Word, tapi sekarang dengan latar belakang molekul berwarna putih.

24

7. Setelah itu, Anda bisa menyimpan diktat MS-Word Anda: File > Save atau File > Save As, tikkan nama file, lalu klik Save.

25

Menyimpan Molekul dalam Berbagai FormatDi bawah ini kita akan menyimpan molekul 3 dimensi di atas dengan nama Alanin.s3d (extension s3d otomatis diberikan oleh ChemSketch ketika kita menyimpan file). Tetapi, file yang disimpan dengan nama Alanin.s3d seringkali tidak dapat dibuka oleh program-program yang lain. Karena setelah ini kita akan mencoba menampilkan molekul tersebut di web, maka kita akan simpan file pula tersebut dalam format yang lain juga.1. Simpan molekul 3 dimensi ini, dengan melakukan perintah

menu ChemSketch: File > Save, lalu beri nama (Alanin), dan klik Save.

27

2. Simpan pula molekul yang sama dalam format yang lain, dalam hal ini format MDL Molfiles (*.mol), dengan melakukan perintah: File > Save As, lalu pada bagian Save as type, pilih MDL Molfiles (*.mol). Beri nama sama, yaitu Alanin, lalu klik Save.

28

30

2008Daftar IsiMemulai ChemSketchMenggambar Molekul Alanin 2 DimensiMenampilkan Struktur 3-Dimensi AlaninMenampilkan Molekul dalam MS-Word Menyimpan Molekul dalam Berbagai Format