Tutorial Marvin Sketch

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    TUTURIAL SOBRE EL EDITOR MOLECULAR MARVIN SKETCH Autor: Hernn Chuquimarca. Ao 2013/04/10

    Semestre: SptimoA ESPOCH, Facultad de Ciencia, Escuela de Bioqumica y Farmacia

    Modulo de Qumica Farmacutica I Perodo: Marzo 2013-Agosto 2013

    1. RESUMEN

    Los editores moleculares son programas de ordenador diseados para dibujar molculas y reacciones. Son imprescindibles para poder expresarse en qumica orgnica, permitiendo escribir reacciones y mecanismos, as hemos logrado recopilar la mayora de informacin para crear un tutorial en el cual nos podamos manejar de mejor manera en este programa y as explicarlo al resto de nuestros compaeros siendo fuente de gran ayuda cuando se necesite escribir formulas estructurales y editarlas de la mejor manera.

    Palabras clave:

    Editores moleculares, editor qumico, MarvinSketch, lienzo, tomos, dibujar enlaces, archivo, editar , ver, insertar, enlace, estructura, calcular, herramientas , ayuda.

    2. INTRODUCCIN

    MARVINSKETCH

    MarvinSketch es un avanzado editor qumico, basado en java, que tiene la opcin de guardar como imagen el trabajo realizado.

    MarvinSketch es una herramienta basada en Java dibujo qumico. MarvinSketch le permite crear y editar las molculas en varios formatos de archivo incluyendo MDL mol, mol comprimido, sonrisas nicas, SMARTS, mol Sybyl, PDB, CML, XYZ, POV-Ray.

    Marvin Sketch incluye muchas caractersticas avanzadas, tales como las estructuras recientes (es decir, la historia de la estructura), la colocacin fragmento visual, reduccin de la ambigedad de niveles mltiples deshacer rehacer.

    Los Applets Marvin son nicos en el sentido de que apoyan todas las plataformas Java, que van desde la antigua Java 1.0a Swing. Trabajan en los navegadores web ms antiguos, pero si se encuentran en un navegador moderno, automticamente utilizarlas nuevas caractersticas de Java.

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    ABRIR Y GUARDAR UN ARCHIVO DE LA MOLCULA

    Puede abrir archivos existentes (de formatos de archivos compatibles), seleccione Archivo> Abrir de la barra de mens. Se carga el contenido del archivo de la molcula a Marvin y descartar los cambios no guardados.

    PARA GUARDAR UN ARCHIVO DE LA MOLCULA

    Si hay ms estructuras en enlienzo y elija usted opcin Guardar como (o Guardar en caso de nuevas estructuras), el 'Salvar mltiples estructuras...'cuadro de dilogo aparecer, que ofrece tres opciones

    IMPRESIN

    Puede imprimir una imagen de la molcula actual, elija Archivo> Imprimir. Si imprime desde un documento de una pgina, si el tamao de su molcula (s) es ms grande que el tamao del papel, la cuadramos con la pgina

    CMO DIBUJAR TOMOS

    CMO DIBUJAR ENLACES

    CMO DIBUJAR CADENAS

    LA FUSIN DE LAS ESTRUCTURAS

    CMO DIBUJAR FLECHAS DE FLUJO DE ELECTRONES

    Flecha electrones de flujo muestra la direccin real de movimiento de los electrones. Se puede sealar a partir de un tomo o enlace a un tomo distinto o incluso un enlace o vnculo incipiente (formado despus de la transicin de electrones).

    ORDENADAS Y NO ORDENADAS MEZCLAS

    Una mezcla no ordenada (indicado por "mezcla" en la parte inferior de la abrazadera derecha) consta de varios elementos desordenados (indicado por "c" en la parte inferior del soporte de la derecha).

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    3. TEMAS A INVESTIGAR

    3.1. Marvin Sketch

    3.2. Creando una nueva molcula 3.3. Abrir y guardar un archivo de la molcula 3.4. Para guardar un archivo de la molcula

    3.5. Para editar y guardar las propiedades de un tomo, molcula y enlace 3.6. Para guardar 'como imagen' 3.7. Impresin 3.8. Trabajar con documentos de varias pginas Molecular 3.9. Cmo dibujar tomos 3.10. Cmo dibujar enlaces

    3.11. Cmo dibujar Cadenas 3.12. Plantillas 3.13. Brotacin

    3.14. La fusin de las estructuras 3.15. Reflejar una molcula

    3.16. Transformaciones geomtricas de Estructuras 3.17. Lanza una molcula 3.18. Inversin central de una molcula 3.19. Reacciones cmo dibujar Reacciones

    3.20. Cmo asignar Reacciones

    3.21. Cmo dibujar flechas de flujo de electrones

    3.22. Varios grupos 3.23. Ordenadas y no ordenadas mezclas 3.24. Para dibujar un componente no ordenada

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    MARVIN SKETCH

    Marvin Sketch es un avanzado editor qumico, basado en java, que tiene la opcin de guardar como imagen el trabajo realizado.

    Marvin Sketch tiene una alta compatibilidad con cada tomo. Los usuarios pueden asignar estereoqumica, carga, valencia, radicales e istopos para cada tomo, enlaces individuales, dobles , triples y formas aromticas son compatibles. Se puede adicionar campos de datos adicionales tambin pueden ser unidos a los tomos.

    CREANDO UNA NUEVAMOLECULA

    Una nueva molcula, en blanco se crea cuando se inicia por primera vez Marvin Sketch. Usted puede comenzar inmediatamente atrabajar con esta molcula. Una ventana MarvinSketchslo puede contener una molcula a la vez , por lo que todo el trabajo que haces en el lienzo se considera parte dela misma molcula .Puede crear una nueva molcula, en blanco, en cualquier momento durante la sesin, seleccione:

    Archivo> Nuevo>escritorio limpio de la barra de men.

    Esto limpiar e lescritorio y descartar los cambios no guardados en la molcula que usted estaba trabajando con(pero usted puede recuperar mediante la opcin Deshacer).

    La aplicacin le permite trabajar con mltiples molculas en varias ventanas, seleccione Archivo> Nuevo> Nueva ventana.

    ABRIR Y GUARDAR UN ARCHIVO DE LA MOLCULA

    Para abrir un archivo

    Puede abrir archivos existentes (de formatos de archivos compatibles), seleccione Archivo> Abrir de la barra de mens. Se carga el contenido del archivo de la molcula a Marvin y descartar los cambios no guardados.

    Marque la casilla de verificacin Mostrar vista previa para ver el contenido del archivo (molculas, reacciones, consultas). Un solo elemento se muestra en la ventana de vista previa, el campo de texto en la parte inferior se muestra el ndice de la estructura actual y el nmero de estructuras en el archivo. Cuando un archivo de estructura mltiple est seleccionada (por ejemplo sdf), los botones de navegacin se activan. Sus funciones son: ir a primera, ir a la anterior, vaya al siguiente, vaya a

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    durar. Tenga en cuenta que esta no es la seleccin que se estructura a abrir, le permite slo para comprobar si este es el archivo que desea abrir.

    Tambin puede pegar las estructuras existentes de otras ventanas abiertas a la molcula, as como arrastrar y soltar un archivo de la molcula en la ventana de Marvin. Ambas acciones aadir la nueva estructura de la molcula actualmente abierto sin sobrescribir el contenido.

    PARA GUARDAR UN ARCHIVO DE LA MOLCULA

    Puede guardar la molcula a cualquiera de los formatos de archivo compatibles. Esto le permitir abrir y trabajar con esta molcula ms tarde. El comportamiento por defecto del botn Guardares salvarla molcula en el mismo archivo que se abri desde el mismo formato. Si desea cambiar el nombre del archivo formato, seleccione Guardar como. Si est trabajando con una nueva molcula, Save funcionar igual que en Guardar como.

    Si hay ms estructuras en el lienzo y elija usted opcin Guardar como (o Guardar en caso de nuevas estructuras), el 'Salvar mltiples estructuras...'cuadro de dilogo aparecer, que ofrece tres opciones:

    Guardar como un archivo nico que contiene todas las estructuras juntos Guardar como un archivo nico que contiene todas las estructuras por separado

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    Guardar todas las estructuras como archivos independientes (si existe esta opcin filename_idx.formatlo sobrescribir)

    En esta ltima opcin, la numeracin de archivos molcula comienza en la esquina superior izquierda.

    Si el formato de archivo seleccionado no es capaz de manejar ms de una estructura, slo las opcin es primera y tercera se ofrecen. La aplicacin de Guardar como en el caso de un archivo ya existente con mltiples molculas y seleccionarla segunda opcin lleva al cuadro de dilogo Sobre escribir con 5 opciones:

    Si no se han realizado cambios en el archivo, las opciones segunda y tercera de la lista anterior no

    aparecen.

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    PARA EDITAR Y GUARDAR LAS PROPIEDADES DE UN TOMO, MOLCULA Y ENLACE

    Usted puede agregar, editar y guardar las propiedades de los tomos, enlaces y molculas, slo tienes que seleccionar la parte correspondiente y seleccione "Editar propiedades ..." opcin en el men contextual. Las propiedades adicionales se guardarn en el archivo que soporta caractersticas tales como MRV o SDF (en el caso de la propiedad nica molcula). Puede visualizar las propiedades atmicas, poniendo en Men> Ver>Misc> Propiedades Atom, las propiedades de los enlaces y la molcula no se puede mostrar en el lienzo en la actualidad.

    PARA GUARDAR 'COMO IMAGEN'

    La opcin Guardar como imagen en el men Archivo permite guardar una imagen de la molcula en el dibujante. Marvin es compatible con los siguientes formatos de imagen: JPEG, PNG, PPM, y SVG.

    Por favor, tenga en cuenta que la imagen guardada no se pueden editar en Marvin.

    IMPRESIN

    Puede imprimir una imagen de la molcula actual, elija Archivo> Imprimir. Si imprime desde un documento de una pgina, si el tamao de su molcula (s) es ms grande que el tamao del papel, la cuadramos con la pgina.

    Si desea imprimir su molcula (s) de varias pginas, usted tiene que cambiar el tipo de documento de varias pginas del documento en Configuracin de documento del archivo> ... y organizar las estructuras en las pginas.

    TRABAJAR CON DOCUMENTOS DE VARIAS PGINAS

    Cmo crear un documento de varias pginas?

    Documentos de varias pgin