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Facult de Mdecine de Constantine

Cours de Microbiologie

Pr H.Laouar

Bactries Gram positif A/Les staphylocoques

I. Introduction

Les staphylocoques ont t dcouverts dans un pus par Pasteur en 1880. en 1883 Ogston a cre le

nom de Staphylocoque pour dcrire ces grains (kokkos) groups en amas irrguliers a la faon

d'une grappe de raisin (staphylos). En 1884, Rosenbach a obtenu des cultures pures. Il a scind le

genre Staphylococcus en deux groupes selon que les colonies taient blanches ou dores.

Actuellement, on distingue plus de 44 espces. Lespce Staphylococcus.aureus (plus

communment appel staphylocoque dor) se distingue gnralement des autres staphylocoques

appels staphylocoques coagulase ngative (SCN) par la prsence dune coagulase.

II. Habitat Les staphylocoques sont bactries trs rsistantes retrouves dans lenvironnement. Lhabitat prfrentiel de S.aureus chez Lhomme est la muqueuse nasale :

50% ds individus hbergent une souche de S.aureus de faon transitoire

20% st des non porteurs

30% hbergent S.aureus de faon permanente

A partir des sites de portage, S. aureus colonise les territoires cutans en particulier, les zones

humides (aisselles, prine) et les mains.

Les SCN reprsentent les principaux commensaux de la peau avec les corynbactries et les

propionibactries.

III. Transmission

Directe (essentiellement)

Intra (auto-infestation) ou inter-humaine, elle sopre gnralement par contact direct

(manuportage)

indirect(+rare)

A partir dune source environnementale: vtements, draps, matriels mdicaux, aliments.

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Figure1: voies de transmission des staphylocoques

IV. Substance labores

S.aureus produit de nombreuses substances (toxines, enzymes et protines de surface) impliques dans la virulence du germe.

Envahissement locale: hyaluronidase, exfoliatines.

Ncrose cellulaire et extension locale: protases, esterases, lipases,Dnase,phosphatase,

toxines ,,,.

Diminution des dfenses locales: leucocidines , la capsule,Pr A

Foyer de trombophlbite regionale: la coagulase. Embols septiques diffusion hmatogne: fibrinolysine

V. Pouvoir pathogne

1. S.aureus:

Est une bactrie avec un potentiel de pathognicit trs important, responsable dune grande varit

dinfections communautaires et nosocomiales (voir figure 2).

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Figure 2:pouvoir pathogne de S.aureus

2. Les staphylocoques coagulase ngative (SNC) :

Ces espces ont un pouvoir pathogne moindre mais peuvent tre impliques dans les infections

nosocomiales ou tres de simples contaminants. VI. Diagnostic bactriologique

1. Prlvement.

Le prlvement doit tre effectu avant toute antibiothrapie et avec asepsie rigoureuse, afin

dviter la contamination du produit pathologique par les SCN souvent prsents sur la peau .L

chantillon pathologique doit tre accompagn dune fiche de renseignements.

2. Examen direct:

Coloration de Gram: les staphylocoques sont des cocci Gram positif disposs en amas

ou grappes de raisin.

Figure 3: coloration de Gram (Staphylococcus aureus)

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Coloration au bleu de mthylne: permet de voir les PN, lassociation de cocci Gram

positif et de polynuclaires dans un prlvement voque fortement une infection

staphylocoque.

3. Culture:

Germes peu exigeants, poussent en 18 a 24 H a 37 C (culture possible entre 10 et 45)

poussent en prsence de concentrations salines leves (milieu slectif de Chapman contenant

7,5% de NaCl) . Les colonies de S.aureus produisent un pigment jaune orang.

4. Identification:

La catalase: permet de diffrencier les staphylocoques (catalase +) des streptocoques

(catalase-).

La coagulase: principal test caractrisant S.aureus, test positif chez 99%de souches de

S.aureus (aptitude des bactries coaguler le plasma).

Figure 4: test de coagulase

Recherche de La protine A: dtectable chez plus de 90% des souches de S.aureus. (fixe

le fragment Fc des Ig de lhomme et du lapin).

Figure5: test dagglutination (mise en vidence de la proteineA de S.aureus)

Absence dagglunination

(test ngatif)

Prsence dune

dagglunination(test positif)

(test ngatif)

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Identification biochimique:

Des galeries biochimiques ou des automates didentification (tests dacidification ou

dassimilation des sucres et des tests enzymatique)

api staph :identification correcte dans 90%des cas ,20 tests biochimiques

ID (32) staph: identifie 24 espces de staphylocoque

Systme Vitek2:identifie un nombre plus important despces

Systme BD phoenix: identifie un nombre plus important despces

Figure 6: galerie biochimique

VII. Sensibilit aux antibiotiques

1.Les -lactamines

a.Production de penicillinase:

Plus de 90% des souches de S.aureus rsistent la pnicilline G par production dune Pnicillinase.

Hydrolyse: pnicilline G, Ampicille ,ticarcilline et pipracille

Nhydrolyse pas: loxacilline , les cephalosporines et limipnme

Les souches restent sensibles aux inhibiteurs de pnicillinases ( IBL) comme

Amoxicilline+ac clavulanique, tazocilline et sulbactam.

b. Souches Borderline(BORSA) : hyper production de pnicillinase qui diminue lactivit de

loxacilline( rsistance de bas niveau loxacilline).

Figure7: souche de S.aureus non productrice de Pnase (A) , souche productrice de Pnase (B)

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c. Modification de la cible:

c.1-acquisition dune PLP additionnelle exogne de faible affinit pour les -lactamines.

la PLP2a code par le gne mecA est responsable de la rsistance toutes le -lactamines.

Les souches sont dites MRSA ou SARM ( 20 40% des SARM sont hospitaliers).

Les SARM communautaires qui secrtent la PLV sont le plus souvent responsables d infections

cutanes chez lenfant.

c.2- modification des PLP endognes: MODSA

Dcrite chez les BORSA prsentant CMI de loxacilline lgrement leves, mais ne possdant pas

le gne mec A : MODified S.A. La rsistancece est relative au type de PLP modifie: PLP4++.

2 .Les glycopeptides (Vancomycine et teicoplanine).

Antibiotique de dernier recours pour le traitement des infections SARM.Mais des souches de

sensibilit diminue sont apparues en 1997 : VISA et GISA.

Rare souches VRSA (franchement rsistantes aux GP),ayant acquis lopron VanA.

3. Les autres antibiotiques.

Les SAMR sont gnralement rsistants aux antibiotiques (aminosides, macrolides,

fluoroquinolones). Les taux de rsistance aux antibiotiques sont plus levs chez les SCN qui sont

souvent responsables dinfections nosocomiales.

B/Les streptocoques

I. Introduction:

Les streptocoques sont des cocci Gram positif disposs le plus souvent

En chainettes, mtabolisme fermentatif.

Figure 8: streptocoque en chainettes (coloration de Gram)

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II. Classification et caractres didentification des streptocoques:

Morphologie et le groupement des cocci

Figure 9:streptocoque en courtes et Figure 10: Pneumocoque en diplocoque

longues chainettes (coloration de Gram) capsul (coloration lencre de chine)

type d'hmolyse ( , ou absence d'hmolyse)

Figure 11: hmolyse hmolyse absence d hmolyse

Caractres antigniques ( Ag polysaccharidique spcifique de groupe).

Classification de Lancefield permet de distinguer 18 groupes de A H et de K V

Les streptocoques qui nont pas dAg de groupe sont appels les streptocoques non groupables.

.

Figure 12:technique dagglutination (srogroupage des streptocoques)

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Caractres biochimiques :

Permettent de dterminer lespce et au sein des streptocoques groupables et non

groupables

Figure13: Galerie didentification des streptocoques

Techniques de biologie molculaire:

le GC%, des squences nucleotidiques du gne de l ARN ribosomique 16S, hybridation des

acides nucleiques AND-AND ont permis de redfinir le genre streptococcus, de crer

de nouveaux genres et de diffrencier de nouvelles espaces. Plus de 160 espces de

streptocoques et de bactries apparents sont regroupes en plus de 20 genres diffrents.

Figure14:squenage de lARN 16S

III. Pouvoir pathogne

a.Streptocoque hmolytique du groupe A:

Infections suppuratives: angines erythemateuses, otites, sinusites, cellulites,

surinfections des plaies et des brlures, faschiites ncrosantes, septicemies et

syndrome du choc toxique.

Infections non suppuratives: RAA et la GNA.

b. Streptocoque du groupe B:

Infections nonatales graves (septicmies et mningites).

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chez ladulte (en particulier ID) des ITU, Arthrites, pneumonie, et ostomylite.

c. Streptocoques non groupables:

Sont responsables dendocardites infectieuses( EI).

d. Streptocoque du groupe D:

S.Bovis est responsable de septicmie et dendocardite point de dpart des gastro-intestinales.

e. S.Pneumoniae (pneumocoque):

Infection de la sphre ORL, la PFLA, darthrite et mningites.

d.entrocoques :

Bactries peu virulentes responsables surtout dinfections nosocomiales (ITU, bactrimies, surinfections des plaies chirurgicales).

V. Sensibilit aux antibiotiques

1. aminosides. Tous les streptocoques sont naturellement rsistants aux aminosides. Cette rsistante de bas niveau (RBN)

est due un dfaut de pntration de lantibiotique. La rsistance de haut niveau (RHN) est la consquence

dune modification de lantibiotique par des enzymes. Lors dInfections graves comme par exemple les

endocardites infectieuses, si la souche isole est rsistante de bas niveau aux aminosides ; lassociation dune

-lactamines et dun aminoside est synergique par contre cette association nest plus synergique si la souche

montre un haut niveau de rsistance aux aminosides.

RQ : Cette rsistance est recherche grce des disques fortement chargs.

2. -lactamines.

Le Streptocoque hmolytique du groupe A :

prsente une constante sensibilit la peni G qui reprsente le Traitement de rfrence selon OMS

Les autres streptocoques :

La majorit sont sensibles la pni G cependant certaines espces de streptocoques non

groupables (oraux) sont de sensibilit diminue ou franchement rsistantes do la ncessit

de contrler la sensibilit de la souche par ltude des CMI surtout en cas dendocardites.

S.pneumoniae :

Les pneumocoques ont dvelopp une rsistance aux -lactamines. par synthse de

nouvelles PLP dont laffinit est diminue pour ces molcules. Les PLP modifies ont

acquis des segments dADN de streptocoques oraux rsistants la pnicilline par

transformation. Cette rsistance est croise entre les -lactamines des degrs variables.

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Si la souche est isole au cours dune mningite,il faut faire la CMI plusieurs -lactamines

(pnicilline,amoxicilline,cefotaxime,imipnme).

Tableau 1: valeurs critiques des CMI (g /ml)de S.pneumoniae

Image1: valeurs des CMI par la technique de E-test

Enterococcus

Plus de 20 espces dont 2 sont les plus frquemment retrouves en pathologie

E.faecalis (80 85%) et E.faecium (510%).Les enterocoques sont caracteriss par une

resistance naturelle toutes les cphalosporines. Lampicilline ou la vancomycine associs

aux aminosides reprsentent les molcules de choix pour le traitement. Cependant des

souches E.faecalis productrices de pnicillinases sont retrouves dans certains pays

(Amrique latine, USA, Liban) et des souches E.faecieum hautement rsistantes aux

glycopeptides sont signales dans plusieurs pays y compris le notre.

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C/ Corynebacterium

I.Introduction

Les corynbactries sont des bacilles Gram (+), non sporuls, immobiles, droits ou incurvs avec

des renflements une ou aux deux extrmits. La pluparts des espces sont commensales de

lhomme ou des animaux. Trs peu despces sont pathognes ; la plus connue tant le

Corynbacterium diphtheriae responsable de la diphtrie ; Maladie infectieuse dclaration

obligatoire. Cette espce se prsente au Gram comme des bacilles Gram positif ayant une forme

en massue ou en haltre et un groupement caractristique en caractres chinois ou en palissade.

Figure15. corynebacterium (coloration de Gram)

II.POUVOIR PATHOGENE :

Dans la diphtrie il ya deux types de manifestations :

Locales : lies la multiplication du germe au niveau de la porte dentre.

Gnrale : lies la toxinognse responsables des formes malignes.

1. Diphtrie commune :

Localisation pharynge :

Incubation : 2 5 j.

Invasion : fivre, dysphagie, malaise.

Phase dtat : fausses membranes blanc gristres adhrentes, extensives avec

adnopathies, coryza, tachycardie .En absence de traitement (srothrapie) cette forme

volue vers la forme maligne.

Autres localisations :

Forme larynge ou croup, localisations nasales conjonctivales, sophagiennes,

cutanes et vaginales

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2. Diphtrie maligne:

Les Manifestations locales et gnrales sont importantes avec jetage de sang. Des complications

type de myocardite et de paralysie peuvent survenir (mort en quelques heures ou plus).

III.Diagnostic au laboratoire

1- Le prlvement:

Prlever les fausses membranes laide dun couvillon.

Ecouvillonnage la priphrie de la fausse membrane.

Rarement couvillon nasal, srosits cutanes.. Etc. selon le contexte.

Acheminement rapide au laboratoire avant desschement.

2- Examen direct :

a.coloration de gram:

bacille Gram (+) droit ou lgrement incurv (facilement dcolors par lalcool)

A extrmit renfle en massue.

Group en lettres majuscules, en chiffres romains ou en paquet dpingles voir en

palissade.

.b. La coloration dErnest-Neisser:

Permet de colorer les granules mtachromatiques contenus dans les extrmits renfles des bacilles.

Figure16: Granules mtachromatiques

3 Culture :

Germe auro-anaerobie facultatif.

Culture possible sur milieu ordinaire(GN)mais croissance plus rapide sur milieu enrichi

( glose au sang, milieu de Loeffler ou srum de buf coagul)

on obtient aprs 12 16 h des colonies gristres, lisses, crmeuses bta hmolytiques sur

glose au sang.

Sur milieu slectif : milieu au tllurite ou milieu de Tinsdale on obtient aprs 24 48 h des colonies noires.

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La rsistance des Corynbactries la Fosfomysine peut tre utile pour rendre le milieu slectif en

lui ajoutant cet antibiotique

4Lidentification est base sur:

La coloration de Gram et dErnest Neisser partir des colonies. Une batterie de caractres biochimiques ; nitrate reductase(+),indole(-) ,ure(-), glucose et

H2S(+).

5 Recherche du pouvoir toxinogne.

a- In vitro: Par raction dimmuno-prcipitation sur gel test dElek

Ensemenc paralllement sur un milieu glos la souche tudier entre 2 souches de

rfrence (Tox+ et Tox- ) dposes perpendiculairement une bande de papier filtre imbib

de srum antitoxine diphtrique.

On observe lapparition darcs de prcipitation qui sils sont spcifiques doivent rejoindre

les arcs observs avec la souche (Tox+)

Le dlai de lecture et de 1 6 jours

b- In vivo : dtermination du pouvoir ltale 50%, la DMM, chez le cobaye ou le pouvoir

dermoncrotique

c- Recherche du gne tox par PCR.

Figure17: test dElek

VI . Traitement (urgence+++) :

Le traitement curatif de la diphtrie est base de srothrapie pour neutraliser la toxine, aussi

prcoce que possible, ds que le diagnostic est souponn sans attendre le rsultat bactriologique.

On associ en plus de la Pnicilline G, si allergie on prconise de lerythromycine.

Le traitement prventif , cest vaccination (anatoxine) selon le schma de vaccination national.

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D/Listeria

I.Introduction:

Parmi les 6 espces du genre Listeria , seule L.monocytogenes pathogne la fois pour l'homme et

l'animal. L. monocytogenes est une bactrie saprophyte et ubiquitaire. Largement rpandue au

niveau du sol, des eaux et des vgtaux. Cest une bactrie trs rsistante dans le milieu extrieur

pouvant survivre plusieurs annes au froid. Sa capacit se multiplier + 4 C lui permet

datteindre des concentrations leves dans les aliments conservs au rfrigrateur.

La contamination de laliment peut survenir lors de la production ou chez le consommateur dans le

rfrigrateur.

II.Pouvoir pathogne

La listriose survient prfrentiellement chez les sujets dont le systme immunitaire est perturb.

La listriose de la femme enceinte:

Se manifeste par une fivre isole ou syndrome pseudo-grippal

Si Infection dbut de grossesse (1e ou 2e trimestre + + +) elle entrane un avortement.

infection plus tardive provoque un accouchement prmatur.

Linfection du nouveau n:

La forme prcoce (contamination avant laccouchement) est une forme gnralise septicmique avec une mortalit importante.

La forme tardive (contamination pendant laccouchement) est une forme mninge dont le pronostic est moins sombre.

La listriose de l'adulte:

Concerne surtout les sujets ges, immunodprims, cancreux sous chimiotherapie et se

manifeste sous forme de mningite, mningo-encphalite ou septicmie.

III. Diagnostic bactriologique :

Petits bacilles gram positif disposs en paire ou en courtes chanettes, mobiles 22 C, immobiles

37 C, catalase (+), Hydrolyse de lesculine (+),VP (+) et RM(+)

IV. Sensibilit aux antibiotiques:

L. monocytogenes est une espce sensible aux antibiotiques lexception des cphalosporines

(particulirement les C3G), la fosfomycine, Les quinolones et la colistine. Le traitement de choix

demeure lassociation ampicilline + gentamicine.

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E/ Bacillus

I. Introduction:

Le genre Bacillus comprend des bactries en forme de btonnets gnralement mobiles , sporules

Gram +.

Figure18: Bactries du genre bacillus (coloration de Gram)

II.Pouvoir pathogne 1. B.Anthracis (importance clinique+++): Agent dela maladie du charbon ou anthrax qui est une zoonose.

Charbon externe :charbon cutan

Image2. Diffrentes localisations dun charbon cutan.

Charbon interne :

Charbon pulmonaire Charbon gastro-intestinale

Autres formes :

Oro-pharynge Mningite Charbon systmique

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2.Bacillus cereus:

Est un germe responsable dintoxication alimentaire.

III. sensibilit aux antibiotiques

Les bactries du genre Bacillus sont sensibles lAmoxicilline, Amoxicilline+ac. Clavulanique,

ticarcilline , cfalotine,aux aminoglycoside, aux fluoroquinolones ,aux macrolides,

aux tetracyclines et aux glycopeptides .Elles sont rsistantes naturellement aux C3G et peuvent

acquerir une resistance la penicilline G par production dune penicillinase.

Image3 :Antibiogramme de B.anthrasis

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